"无论如何，父亲都没有逾越法律的边界，哪怕他对日本再恨之入骨，心中也永远放着法官应有的那杆秤。"虽然许多人从法理的角度对这场历史大审判提出过质疑。尤其是在日本国内有很多不同看法，认为这是一场"战胜国对战败国单方面的审判"，是有罪推定，不符合法治精神。但梅小璈始终相信父亲，他还给记者讲了一个故事。1946年3月29日，到东京不久的梅汝璈遇上了去考察战后日本教育现状的著名教育家顾毓琇博士。顾毓琇将一柄长约三尺的宝剑赠给梅汝璈。梅汝璈说："'红粉赠佳人，宝剑赠壮士'，可惜我不是壮士。"顾毓琇大声道："你代表全中国人民和几千几百万死难同胞，到这个侵略国首都来惩罚元凶祸首，天下之事还有比这再'壮'的吗？"在当天的日记中，梅汝璈写道："戏文里有'尚方宝剑，先斩后奏'，可现在是法治时代，必须先审后斩，否则我真要先斩他几个，方可雪我心头之恨！"梅小璈说，这说明法官是中立的，父亲在审判时一直严守法律精神。
1959年，梅汝璈一家在十三陵合影。
最早提出研究南京大屠杀
审判结束后，由于美国的操纵，法庭以"罪证不足，免予起诉"为借口，先后分两批将剩下的42名日本甲级战犯全部释放。因此，1948年12月以后，远东国际军事法庭实际上已无事可做，各国法官只得纷纷回国。
1949年6月，梅汝璈设法由东京抵达香港，与中共驻港代表、清华校友乔冠华取得了联系，乔装打扮后又秘密由港赴京。到达北京的第三天，梅汝璈便应邀出席了中国人民外交学会成立大会，周恩来在会上介绍："今天参加这个会的，还有刚从香港回来的梅汝璈先生，他为人民办了件大好事，为国家争了光，全国人民都应该感谢他。"回到祖国怀抱的梅汝璈心头激起了层层热浪。1950年，梅汝璈担任外交部顾问，1954年当选全国人大代表和全国人大法案委员会委员。此后，梅汝璈还任第三、四届中国人民政治协商会议全国委员会委员，以及世界和平理事会理事、中国人民外交学会常务理事等职，为新中国的外交与法律事业做出巨大贡献。
然而好景不长，1957年"反右运动"开始，梅汝璈受到了不公平对待。提起这段往事，梅小璈回忆，父亲被打为右派与他根深蒂固的法治精神也有关系，"据说，在一次公开会议上，父亲发言称要防止再出刘青山、张子善这种贪官，光靠个人自觉不行，还得靠制度。这句话被看成是父亲'旧法观念'未除的标志。"梅汝璈成了"靠边站"的一类人。"文革"开始后，梅汝璈被强制要求在外交部内扫厕所，写外调材料。在一份检查中，梅汝璈写道："我实际上只是一本破烂过时的小字典而已。"
