1944年2月23日，敌人罪行调查委员会在重庆正式成立。行政院指定由著名外交家王正廷任主任委员，王正廷及司法行政部部长谢冠生、行政院参事管欧为常务委员。该会设立了秘书处与三个工作小组，对日军在华战争罪行拟定了13个项目着手进行调查。除外交部之外，奉命参与该项工作的军令部也做了大量工作。如编制《敌侵华陆军部队作战经过之查考》表、《历次主要战役敌部队长姓名调查表》。
投降仪式上，何应钦代表中国接受日军投降书。
战犯名单之确定
随着胜利的临近，1945年6月8日，蒋介石就敌军罪行调查事颁手令予陈布雷，要其通知有关部门加紧办理。日军投降后，为确定敌战犯名单，国民政府相关部门单独或联合召开了多次会议进行讨论。9月25日，蒋介石电国防最高委员会秘书长王宠惠，要求一周内提交拟具的战犯名单。国民政府司法行政部9月编制的《日本主要战争罪犯名单》列出第一批陆军罪犯96名，第二批陆军罪犯34名，第三批政治罪犯48名，并注明"其余在续编中"。10月16日经蒋介石手定，先列出了20人，然后又用笔按顺序标出12人，20人名单上用红笔圈去二人，具体如下：12人为：1、土肥原贤二，2、本庄繁，3、谷寿夫，4、桥本欣五郎，5、板垣征四郎，6、矶谷廉介，7、东条英机，8、和知鹰二，9、影佐祯昭，10、酒井隆，11、喜多诚一，12、畑俊六。其余8人为：梅津美治郎，多田骏，秦彦三郎，小矶国昭，大谷光瑞，阿部信行，南次郎，甘粕正彦。用红笔圈去者为：大谷光瑞，甘粕正彦2人。
10月27日，蒋发代电给外交部甘乃光次长，指示日本侵华主要战犯应将上述12人提出，"其余即将联合国审查委员会远东分会第一号日本战犯名册提出，并与行政院会商办理可也。"由此函可知，蒋介石确立的首批主要战犯名单是12人，但并不仅限于这12人，还包括远东分会的战犯名册。这12人名单开出后，国民政府军委会即以蒋中正名义要求美方转麦克阿瑟将其就近逮捕讯办，稍后美方对此作出了积极回应。
不久，国民政府又向美方提交了第二批战犯名单，对此，外交部在12月18日有一个说明："此名单系战犯处理委员会议决作为第二批主要战犯呈请委员长核准后，即由本部通知美方代为逮捕。"名单上有：南次郎，荒木贞夫，近卫文麿，平沼骐一郎，阿部信行，米内光政，小矶国昭，岛田繁太郎，广田弘毅、松冈洋右，东乡茂德，梅津美治郎，松井石根，寺内寿一，牟田口廉也，河边正三，谷正之，山田乙三，有田八郎、青木一男，末次信正，西尾寿造等22名，其中因近卫已自杀，实为21名。故所送两批一共是33名。
关于战犯名单的确认，有两个特殊人物需要略作交代，一个是日本天皇。战争结束之前，中方有关机构所列名单中，天皇裕仁是赫然列在首位的。1945年6月，军令部第二厅第一处制成《侵战以来敌国主要罪犯调查表》，第一名是"日皇裕仁"，"经历-现任"一栏为"陆海空军大元帅"，年龄"44"，"罪行"为"侵战罪魁"。但随着形势的变化，战后杜鲁门致蒋介石电及蒋介石复电同意来看，盟国方面并不积极谋求废除日本天皇制，与此决策相关联，国民政府最终确定的战犯名单中并无日本天皇，这期间不乏应追究天皇责任的舆论，外间也有传闻，但都被国民政府明确否定。1945年11月8日，驻美大使魏道明致电外交部称："六日纽约前锋论坛报载我国准备向麦克阿瑟将军提出日本战犯三百人名单，以日皇为第一名，此间甚为注意，是否确实，祈即电示。"10日，外交部电复魏大使，告以"我国并未向麦克阿瑟将军提出以日皇为首之战罪犯名单。"
另一个是冈村宁次。上述军令部第二厅第一处所制《侵战以来敌国主要罪犯调查表》中，第三名就是"冈村宁次"(第二名为西尾寿造)，阶级为"大将"，"经历-曾任"一栏为"华北方面军司令官"，"经历-现任"一栏为"中国派遣军总司令官"，年龄"60"，"罪行"为"塘沽协定时为日方之代表，热河之战多由其策划，八一三事件后更力持全力侵略征服"，自是侵华首恶之一。但由于其在战争结束初期之地位与表现，颇受国民政府的青睐，随之就从主犯名单中消失了(一直到制定第七批战犯名单时才被列入)。在各机关开会商议此事之初，1945年9月13日，何应钦就致电王宠惠、王世杰，特别提出不能将冈村宁次列入，电称："限即到。渝国防会王秘书长亮畴兄，外交部王部长雪艇兄。密。远东日本战争罪犯名单核定发表前请先示知，俾可略供意见。例如现在我国境内当有日军一百零九万人，如骤将冈村列入罪犯公开发表，对于缴械事宜恐有影响也。弟应钦。"次日，外交次长甘乃光给何应钦复电，表示将事先征求他的意见。何应钦这样做，是出于冈村后来所一再强调的两者间的私人感情，还是为了顺利受降并用以对付中共的现实主义考量，或者两者兼而有之？无论是何原因，首先不是出于法律层面的考虑，这使得国民政府的战犯审判一开始就蒙上了一层法律之外的色彩。
1946年10月3日，军事法庭派法庭副官率特务营班长及士兵7人，将南京大屠杀案主犯谷寿夫由上海押至南京。
战争罪犯之处置
国民政府对战犯处理的态度，从战时到战后，从战后初期到国共内战的中后期，随着局势的发展和利益诉求的变化，有着不同的情形：1、在战争结束前，作了一些努力，主观上也有这方面的愿望，一些部门的工作是积极的；2、在战后初期，蒋介石的宽大方针已经出台，但对一些罪恶昭彰、蒋介石与国民政府特别恼恨的战犯，还是希望加以严惩；3、在此之后，国民政府的战犯处理就严重变质了，从伸张正义、以告慰幸存者特别是数千万死难的抗日军民，一变而为尽可能包庇和开脱战犯，几近与战犯合谋敷衍国内外舆论和民众，甚至不惜施展手段与驻日盟军周旋、拒不配合远东国际军事法庭的战犯审判工作，对要求冈村宁次、松井太久郎等去东京出庭作证软磨硬抗，将在押服刑战犯全部送回日本，并随后予以开脱释放。这些做法，实在是丧失了作为长期被日本侵害的被侵略国及战胜国应有的严肃态度与立场，其中少数人的行为几近失态。
