国民政府因为自身战略利益的需要，秉持蒋介石"以德报怨"的对日处理方针，对战犯的处理面与处罚度均作了严格控制，且对少数重要战犯网开一面，在离开大陆前夕又将在押战犯全部送回日本服刑，在1952年日台和约缔结后，使之全部开释。
战后国民政府对日本战犯的处置问题，是战后对日处置的一个重要方面，应该说，最初国民政府对这一问题还是甚为重视的，在战时即成立了专门的调查机构，进行相应的准备，战后也投入了一定人力物力以策进行。但国民政府因为自身战略利益的需要，秉持蒋介石"以德报怨"的对日处理方针，对战犯的处理面与处罚度均作了严格控制，且对少数重要战犯网开一面，在离开大陆前夕又将在押战犯全部送回日本服刑，在1952年日台和约缔结后，使之全部开释。总的来看，战后国民政府的战犯处置工作，既有伸张正义、惩处元凶的一面，又有敷衍民意、虎头蛇尾，甚至刻意开脱的一面。本文拟根据台北"国史馆"藏档案文献，略作考察。
1946年中国军事法庭庭长石美瑜、首席检察官陈光虞等在检验从雨花台荒野中挖掘的遇难者尸骨
对日军罪行调查工作的展开
太平洋战争爆发后，日本投降只是时间问题，对战后问题的考虑逐步提上议事日程，这当然也包括对日处置的问题。与英美等主要盟国惩治战争暴行的倡导相关联，国民政府对敌人罪行的调查工作是从1942年1月开始的。1942年9月24日，外交部又致函内政部、军事委员会办公厅等各机关，请求配合调查日本战罪工作，函请检送敌倭暴行参考资料。
南京市第一区境内人民遭受敌人屠杀及因敌人暴行死伤调查表
由外交部牵头(具体负责为亚东司，司长杨云竹)的敌人罪行资料搜集工作随之展开："本部自三十年(1941年)即着手搜集资料，三十一年开始研究整理，编辑《日本在华暴行录》，且自三十一年度以来，即列入本部工作计划"(据台北"国史馆"藏国民政府外交部档案"成立敌人罪行调查委员会案")。为开展这项工作，外交部不时请相关部门及地方当局对有关个案进行调查，一些部门也较为积极地向外交部提供各种资料。10月7日，国民党中宣部部长王世杰将田伯烈著《外人目睹之日军暴行》一书和敌人暴行照片9张送外交部。11月10日，政治部部长张治中送到《汾南敌寇暴行》资料一份。
在敌人罪行调查过程中，也存在一些客观困难。作为战争期间侵略者对被侵略者实施的暴力，一方面，谁是具体的施暴者？其姓名、单位、职务为何？他们的罪行如何被有效记录？另一方面，被害者又如何能对罪犯进行足供采信的指证？一些受害者已经死亡，无从控诉，即便是幸存者，面对那些异族入侵者，由于绝大多数处于极端惊慌恐惧的环境，语言不通，流动性大，受害者也很难确切指认，因此人证物证的搜集和保存均有相当的困难。类似这种情况，在调查工作开始之初，国民政府军委会政治部就向外交部作了反映。1942年12月18日，政治部部长张治中致函外交部称："查敌寇暴行，类皆于战斗行动中或沦陷区发生，事后调查颇难，除再通令各级于嗣后搜集敌寇暴行资料时，在可能范围内，设法调查证据报部外，相应函复。"
在实际推进此项工作的过程中，外交部也感到了类似的困难："除于书报杂志中搜集材料外，并函请有关各机关……代为调查检送资料，惟现所搜集者无几，且多无暴行人之姓名及确切证据，势难向联合国调查战争罪行委员会提出，以达惩治之目的。"故于1943年3月9日上呈蒋介石，希望由主管军事机关的军委会来牵头搜集。蒋介石收到外交部呈后，甚为重视，电军委会办公厅"希通令施行并负责搜集，随时与外交部联络进行"。4月15日，军委会办公厅收到此件后，即以军事委员会名义"通令各战区、各省府、昆明行辕、军令部、军政部、政治部负责搜集呈会汇转"，并将上述办理情形呈复蒋介石。
随着战争形势的发展，以及英美等盟国的重视，这项工作的重要性日益突出，6月份，因英国将召集"盟邦会议"，组织"敌国战事犯罪行调查委员会"，军委会参事室主任王世杰提出组织我国的"敌军罪行调查委员会"，经蒋介石同意，国民政府决定由行政院牵头，着手成立更为专门的敌人罪行调查机构。
