如果说这些事情还只属于个人恩怨的话，那么两人在战略思想上的根本分歧，终于发展成了针锋相对的抨击较量。特别在如何统治"满洲国"的政策上，两人的矛盾纷争日趋激烈。相比于东条英机，石原莞尔的侵略思想更加老谋深算，用心深远。他的战略一旦实施，给亚洲人民造成的灾难无疑将会深重得多。
在关东军副参谋长职位待了不到一年时间，石原便被逼走了。
可东条并没有忘记这个死对头，对石原莞尔不断穷追猛打。1939年8月，石原调任驻守京都的陆军第十六师团师团长。在此期间，石原出面组织了所谓"东亚联盟运动"，想为自己捞取政治资本，以图东山再起。不过，东条英机很快粉碎了他的迷梦。1940年7月，东条出任近卫内阁陆相后，促使内阁于1941年1月宣布"东亚联盟运动"为非法组织。石原莞尔毫不示弱，拒绝接受东条英机下达的《战阵训》，指出此举"是对天皇统帅本义的蹂躏和不敬"。东条闻讯大为震怒，在1941年3月解除了石原莞尔担任的第十六师团师团长职务，干脆将他编入预备役，彻底放逐。被排挤出军界的石原莞尔在立命馆大学当起了教书匠，专门讲授《国防论》，继续与东条唱对台戏。东条英机不仅派宪兵跟踪监视石原莞尔，禁止他的书出版，后来干脆命令立命馆大学辞退了他。石原迫不得已于1942年9月回到家乡隐居，终于成为主张"东亚联盟"的"远吠败犬"。
有意思的是，石原被赶回老家后三个月，东条英机竟然少有地主动邀请这个老对头进行了最后一次推心置腹的交流。东条很真诚地问道："石原君对今后的战争指导还有什么看法？"石原莞尔的回答依然那么个性十足："从一开始就知道你不具备指导战争的能力，这样下去日本会亡国的，所以请尽早辞去内阁总理的位置。"
东条当然没有打算按照石原的忠告去做，而是一直到1944年6月塞班岛失守以后才灰溜溜地辞职下台。
塞翁失马，焉知非福。东京国际军事法庭最后公布的战犯名单中，没有包括发动"九一八"事变的石原莞尔。
最后一次出庭作证，成为石原莞尔人生舞台的最终谢幕。两年后的1949年8月15日，日本投降四周年纪念日当天，为没当上战犯而遗恨千古的"九一八"事变主谋石原莞尔，死于膀胱癌引起的尿毒症，终年60岁。就连他的死因，也似乎验证了中国那句老话"始作俑者，其无后乎"--1930年石原还在关东军参谋任上，一次下马不小心被那把长长的"家传宝刀"在裆部扎了一下，引起尿道撕裂医治无效，长期血尿最后转变为膀胱癌，所以石原莞尔早死且无后人。
石原莞尔去世之前8个月，1948年12月23日，他一生的"知音"板垣征四郎和"敌人"东条英机，同时被盟军绞死。这群打着亚洲人、黄种人旗号的战犯，不管他们的主张多么不同，喊出的口号多么漂亮，都不过是疯狂的时代制造出来的一批疯狂怪物。正是他们的疯狂，把中日两国拖入了一场千古浩劫。
