20世纪90年代，江南造船厂抓住香港泰昌祥轮船公司需要64000吨巴拿马型散装货船的机遇，成功制造出"江南巴拿马"型散货船，并为此命名"祥瑞"号。"祥瑞"号投入航行4个多月，在大西洋、太平洋遇到极其恶劣的海况和11级强台风却安然无恙，在国际航运界赢得了声誉。它在英国租船市场单独挂牌，成为我国唯一列入该市场标价系列的船型。
为了祖国的海疆永靖，江南造船厂投入大量的人力、物力，研造新型导弹驱逐舰。在攻克高强度特种钢材的焊接、设备调试等许多技术难关后，第一艘112舰于1994年4月下水。同年，江南造船厂在全行业率先成为全国100家大中型企业首批建立现代企业制度试点单位之一，1996年改制为"江南造船(集团)有限责任公司"。
1997年春天，江南造船厂制造的112舰、113舰等组成了编队，出访美洲四国和东南亚三国，开创了舰队第一次成功地进行横渡太平洋的远航，在世界上引起强烈轰动。
如今，占据全国九成造船吨位数的江南造船厂，整体规模和单位造船能力均居世界首位。正式入驻长兴岛后，它正以全新的姿态，立志实现"2015年中国第一军工造船企业"的宏伟目标。
