直到1888年，在李鸿章等人主持下，才在《北洋海军章程》中第一次使用"国旗"这个新概念"按西洋各国，有国旗、兵船旗、商船旗之别。大致旗式以长方为 贵，斜长次之。同治年总理衙门初定中国旗式，斜幅黄色，中画飞龙，系为雇船、捕盗而用，并未奏明为万年国旗。今中国兵商各船日益加增，时与各国交接，自应 重订旗式，以崇体制。应将兵船国旗改为长方式，照旧黄色，中画青色飞龙。"
有意思的是，这份1888年发布的咨文，却是一份追认文件。早在1876年出版的一本民间著作中，就已经明确区分了四方"大清国旗"与三角"大清国常用旗"。由此可见，大清政府的许多迈向现代化的官方文件，都是被形势逼出来的无奈追认，总是事实在前，文件其后。
