在人民解放军的有力打击下，康巴叛乱到1957年底基本被平息下去。许多叛乱头目纷纷逃向西藏，被西藏上层反动集团收留，重新予以武装，继续进行非法活动。1957年5月，在西藏上层反动集团的策划支持下，从四川藏族地区流窜到西藏的康巴叛乱分子头目在拉萨成立了反动组织"四水六岗"（藏语"曲细岗珠"，泛指甘、青、川、滇、藏等省区藏族聚居的地方）。
1958年4月，从四川、青海、甘肃等省藏区窜入西藏的叛乱分子，正式与西藏上层反动集团结为同盟，将所有武装力量统一于"四水六岗"组织之内，并分配了叛乱任务。6月，贡布扎西带着中情局训练的特务和电台离开拉萨，窜到西藏山南地区，建立叛乱武装根据地，组织了叛乱武装"卫教志愿军"。
"卫教军"一成立，就立即得到美国的武器援助。当年夏天，中情局就在山南地区空投大批武器弹药，计有机枪20挺、迫击炮2门、步枪100支、手榴弹600枚、炮弹600发、子弹40000发。11月26日，中情局通过"麦克马洪线"以南印度占领区，又向山南地区运送武器弹药226驮；年底，向扎古拉马塘高地空投一批武器，约100支美式来福枪、20挺轻机枪、2门55毫米迫击炮、60枚手榴弹，每支枪和每门炮配置300发子弹或炮弹。次年1月，又通过尼泊尔运入40驮武器弹药。为掩盖真相，美国只提供"二战"时期的武器。
中央情报局的援助行动，助长了西藏分裂主义分子的嚣张气焰。进入1959年，西藏武装叛乱逐步升级，叛乱分子不仅袭击解放军，而且对藏民劫掠、烧杀，强迫他们反对中央人民政府。3月10日，西藏上层反动集团终于公开撕毁和平解放西藏的十七条协议，发动了全面的武装叛乱。一周之后，他们又劫持达赖喇嘛离开拉萨，仓皇出逃。
有外国研究人员认为，叛乱者无法通过和平手段使达赖喇嘛公开站在他们一边，是促使中情局和他们在1959年3月发动大规模叛乱的根源。这并非空穴来风。最新解密档案表明，1958年9月，中情局决定秘密增加对叛乱者的资助，以扩大其反对中央政府的游击战，此举得到艾森豪威尔总统的批准。帕特逊证实说，在拉萨叛乱前，他的康巴朋友就告诉他，已经有了一个使达赖喇嘛离开拉萨的计划了。1959年3月2日，印度加尔各达的《政治家报》发表的一篇匿名文章，也为上述结论提供了证据。作者极其准确地预测说，达赖喇嘛可能不愿离开拉萨，但为了使他离开，康巴人将不得不制造些骚乱。
