李登辉全方位、多层次的清理异己、巩固权力行为，激化了党内矛盾，逼得一再遭到排挤的亲蒋势力起身反扑。1990年2月21日，又是国民党临时中央全会提名新一届正、副"总统"的日子。"总统"换届，成为亲蒋势力反扑的极好时机，当然会以"民主选举"、"参选竞争"为名进行拼死一搏。
在整个"总统"选举过程中，李登辉很有章法，步步为营，将亲蒋势力的进攻一一击溃。李登辉先是在1990年元月2日放风要让李焕出任"副总统"，在遭到痛恨李焕投靠李登辉的亲蒋派的激烈反对后立即终止。再是阻止蒋纬国竞选"副总统"。亲蒋派利用此次机会准备把蒋纬国扶上台，以限制李登辉的权力，在拥蒋一方为蒋纬国大造声势、广泛活动的喧闹声中，李登辉宣布将与"总统府秘书长"李元簇搭档参选正、副"总统"。
对此，亲蒋派决定公开抗争，这就是在国民党演变史上影响深远的权力斗争--"二月政争"。在政争热潮中，亲蒋派被称为非主流派，李登辉的亲信势力被称为"主流派"。在2月11日举行的国民党第十三届临时中央全会上，非主流派提出要以"不记名投票方式"决定候选人，主流派提出依照惯例"起立、举手方式"决定候选人，最后主流派的意见获得通过，"双李配"获得党内通过。这次会议是国民党逃台40年来党内爆发的一场最大的公开权力斗争。以这次会议为标志，国民党内部分裂成"主流派"与"非主流派"两大政治派别。
1990年3月21日，李登辉、李元簇在"总统"、"副总统"选举中分别以高票当选。这是台湾在结束蒋氏父子"强人政治"后第一次"总统"选举。李登辉在"国民代表大会"间接选举投票中高票当选，标志着大陆籍"法统"势力主政时代的结束，以李登辉为首的"本省台独"势力主政时代的正式确立。
