李登辉当选"总统"后，立即改组任期还不到一年的"李焕内阁"。原因很简单，那就是要李焕退出政治中心。非主流派为了保住本派的利益，为了防止本派地盘再度缩小，所以不能再让出"行政院长"的职位。在整体利益面前，非主流派只有一致对付主流派。李焕及其支持他的人马，采取一连串"院长保卫战"。4月28日，"立法院长"梁肃戎出面邀约李焕、林洋港、郝柏村等非主流派大老餐叙，以迂回手法向李登辉表态支持李焕。以中生代增额"立法委员"为主体的"新国民党连线"，也频频展开造势活动，发动一百多名资深和增额"立法委员"连署，向李登辉展示李焕在政坛的影响和实力，声援李焕连任。林洋港也三度公开表示支持李焕留任，向李登辉挑战。
李登辉一年前调升李焕到"行政院"，并非是重用李焕，主要目标是为了先除掉"接班四人帮"中的俞国华，再把李焕调出党务系统予以架空，为最终撤换李焕埋下伏笔。李登辉见非主流派反对情绪过强，只有利用非主流派来打击非主流派这一用过多次但十分有效的手法，接受元老陈立夫提议，任命内心极为反感的郝柏村出任"行政院长"。
清除郝柏村
1990年5月2日，在星期三的国民党中常会例会上通过郝柏村出任"行政院长"的提名。郝柏村出马，让绝大部分媒体和关心政治的人士跌破眼镜，民进党和一些舆论都抨击这是"军人干政"、"恢复军事统治"。但是人们马上从李登辉的决策中觉察到了李登辉的用意：堵住非主流人士的嘴，拔出眼中钉李焕，封杀林洋港，可谓是一石三鸟之计，这正是李登辉政治手腕高明之处。他不顾民进党和社会上的反对，在5月20日宣誓就职时，提名郝柏村为"行政院长"。自此，李焕离开决策中心，如俞国华那样，开始过起"政坛闲人"的日子。
郝柏村上台后，针对台社会治安持续恶化、民众普遍感到不安和恐惧的情况，以"强势治安内阁"为口号，实施铁腕统治。一时间，治安状况有所改善，社会秩序渐入正常，"台独"气焰有所收敛。"李郝体制"在这一时期的合作，正如李登辉早先对"立法委员"所说的达到"肝胆相照"的境界，"总统府"与"行政院"度过一年多的"蜜月期"。但是，对于郝柏村，李登辉并没有就此住手，还是要彻底清除。
