此时，亲蒋势力出现分化。最为关键的中央党部秘书长李焕倒向李登辉，蒋经国信任的宋楚瑜更是充当倒蒋与拥李的先锋。而且第十三次代表大会的"本土化"趋势十分明显，首次由本省籍人担任党主席，首次在中常委中本省籍成员超过半数，首次中央委员中本省籍成员超过1/3、由上届的近20%上升到38.3%。"本土化"开始于蒋经国上任之初，当时是为了缓和已经相当激烈的省籍矛盾。李登辉的"本土化"，着眼点是把国民党视为"外来政权"，为了改造"外来政权"，必须以本土势力来取代外省籍，巩固权力基础，同时为推行"两岸分裂分治"、建立"台湾中华民国体制"做准备。
第十三次代表大会后，李登辉在党内的领导地位得到巩固，他开始全方位、多层次打压党内的所谓非主流派势力，国民党内从此不得安宁，台湾政坛从此不得安宁。
耍弄权谋
被蒋经国当做"镇岛大将军"的郝柏村，已成为李登辉不得不防的人物。郝柏村于1981年12月调任"参谋总长"，1986年3月进入国民党中常会，成为中常会中惟一的职业军人。按照岛内军界的规定，"参谋总长"任期2年，可郝柏村竟然连任4届8年。李登辉担心的就是郝任职"参谋总长"时间过长、积累人脉资源过多。更让李登辉不放心的是，在蒋经国去世后，蒋家成员、特别是宋美龄女士对郝柏村分外信任，来往甚多，颇有把郝柏村当成减缓"非蒋化"进程保护神的涵义。郝柏村成为李登辉整治的重点对象。
1989年11月22日，郝柏村的"参谋总长"任期再次到期，李登辉用国民党中常会的名义决定郝柏村出任"国防部长"，遗缺由"空军总司令"陈龄接任。李登辉把郝柏村从具有调动、指挥军队权力的最高军令长官"参谋总长"的职位上拉了下来。
