"代理党主席之争"的实质是权力之争，是失去蒋经国后的蒋家势力还想卷土重来，控制国民党。但是，蒋经国信任的亲信纷纷背叛而去，无力再战。师出无名、战而无将，结果轻而易举地被蒋经国所挑选的"接班者"李登辉所击败。李登辉也趁机打击自己上台后的最大威胁--蒋家势力，使得亲蒋势力失去了主要旗帜。"代理党主席之争"，揭开了蒋经国去世、李登辉上台后国民党内政之争的序幕，也成为李登辉削弱国民党的第一仗。
重组权力核心
李登辉抓到"总统"和代理党主席大权后，开始了巩固权力与政治清算的斗争。一是巩固拥李派的权力，尽快占据权力峰层；二是削弱亲蒋派的权力，消除威胁。在这一场实质是国民党内蒋经国去世后的权力大转移中，李登辉运用"本土化"、"民主化"策略，见招拆招，斗而有序，争而不败，将亲蒋派为主体的非主流派彻底击溃。
台湾最高权力中心--"总统府"国民党第十三次代表大会，是国民党退据台湾近40年来面临重大政治转折和空前挑战的背景下召开的一次会议。
李登辉的重点是如何实现权力中心的大转移，把权力中心由蒋家阵地转移到李家阵地。为此，他一是严把党代表关，出席会议的大部分代表必须是切断蒋家脐带、能够支持李登辉的人；二是严把中央委员关，李登辉通过对半数中央委员候选人的提名及操控选举，控制中央委员会的目的已经达到；三是严把中常委关，亲蒋的中常委中有12人被换掉，中常会完成自第七次代表大会以来规模最大的一次改组。上述一切，都是在发扬"党内民主"的旗帜下进行的。
