但是，个人的勇战，不足以弥补军队整体军事素质的差距，无论聂士成还是依克唐阿这样在当时中国还算能战的将领，也无力在战场上取得哪怕一个局部的战场胜利。
1895年，日军攻陷海城，辽西危急，依克唐阿会同长顺、宋庆、吴大澄等部5次反攻海城，但5次攻城，均以无功而告终。
作为辽宁地区名义上的最高指挥者，依克唐阿无力阻止日军步步紧逼，最终从陆上被日军攻克当时亚洲第一要塞旅顺，也无法阻止日军朝山海关逼近。日军在1895年3月先后攻占了牛庄、营口、田庄台等地，清军在辽东辽西战场均彻底失败。
不过相比于李秉衡和裕禄等人，依克唐阿尚比较幸运，他利用余下来一些官宦生涯，为中国的现代化做出了一定的贡献。他上疏奏请练兵队、造铁路、制枪炮、开矿山、治团练等事宜。清廷谕令其"妥筹开办矿政"。1895年5月皇帝赏赐头品顶戴，补授镶黄汉军都统。8月他正式成为了盛京将军。
出任盛京将军期间，因盛京地区制钱短缺，依克唐阿向光绪皇帝上奏折，奏请设立奉天机器局，制造银元。1896年，依克唐阿在沈阳东关外、大东边门内，开工兴建了"奉天机器局"，即如今的沈阳造币厂，开创沈阳近代工业先河。任内打击贪污，整顿营制、厘税，一年间增饷银数十万两，他在光绪二十五年(1899)，逝世，谥诚勇，予建祠。
