李明杰研究员认为，"台日渔业协议"仍有"以主权换渔权"之嫌。协议第4 条规定"本协议之所有事项或为实施而采取之措施，均不得认为影响双方具权限之主管机关有关海洋法诸问题之相关立场"。从字面理解，该协议不影响双方各自对钓鱼岛"主权"的主张。协议文本上并未规定协议是否适用于钓鱼岛领海内，但在4月10日台湾外事部门的新闻稿中指出，该协议并不适用于"钓鱼台列屿周边12海里"。如果在该协议执行阶段，台湾渔船和执法船放弃进入钓鱼岛领海作业和执法，那么协议就不能排除"以主权换渔权"之嫌。
张植荣教授认为，"台日渔业协议"也有积极的一面。钓鱼岛附近海域本来就是台湾渔民的传统渔场，也是大陆东南沿海渔民的传统渔场。不管是台湾渔民还是大陆渔民，能够通过渔业协定从日本手里合情合理合法地得到这样的渔权，就是我们所有中国人争取权益斗争的一个进步。渔权属于财产权，是与主权、治权并列的土地权能之一，这三者有分有合，解决今天的钓鱼岛问题，不可能一蹴而就，毕其功于一役，所以，取得渔权也是我们所有中国人所乐见的。因为两岸有"九二共识"，有"一中原则"，台湾渔民取得的进展，也就是13亿中国人的收获。
