论坛围绕"日本促成日台渔业协定的企图、影响因素及成效"、"台湾当局签订日台渔业协定的企图、影响因素及成效"、"日台关系的前景及影响"等议题展开深入研讨。与会者一致认为，虽然"台日渔业协议"第4条明确了"不影响双方各自对钓鱼岛主权的主张"，暂时模糊了台日间的钓鱼岛"主权"之争，但这只是权宜之计。"台日渔业协议"的签订，为目前复杂的东海和钓鱼岛问题增加了一个新的不确定因素，使未来中日解决东海及钓鱼岛问题更加复杂。
修春萍研究员认为，台湾当局长期以来一直借助美、日等外部势力对抗大陆，这决定了台湾在对美、对日关系必然处于弱势地位。在钓鱼岛问题上，日本占据对钓鱼岛实际控制的优势，不仅不理会台湾当局的主权主张，更不可能出让既得利益，回应台湾当局的渔权要求，这是台日渔业谈判旷日持久、毫无结果的原因所在。那么，日本此次突然主动提出与台湾进行渔业谈判，并愿意出让部分利益，其意图最直观的、也是最多被提及的，就是为了减轻钓鱼岛争端中面临的两岸联手保钓的压力。但如果把日本在渔权问题上对台湾做出的让步仅仅看作是为了缓解两岸联手保钓的压力，就未免太小看日本了;日本更深一层的目的应该是借此分化两岸、在两岸间打入楔子，干扰两岸关系进程。
