郭震远研究员总结认为，第一，大家都认识到，"台日渔业协议"的签订，无论就日台关系本身而言，还是对中日关系、两岸关系而言，算是近期当中一个比较重大的新闻事件。大陆学者很重视这个问题，但是还需要做更进一步的探讨。"台日渔业协议"签订的本身，对于日台各自和其关系意味着什么?表面来看，日台各有所需，不说皆大欢喜，还是比较满意，他们各自想得到的东西在一定程度上都得到了，但日本和台湾其实都有更深层次的需要，这种需求是否能得到满足，还需要观察。
日本想要"以台制华"，这样一个目标，恐怕是很难真正地实现。日本对于日台渔业谈判的立场这次有了很大的调整，它为什么要做出这个调整，做出这个调整它是否得到了想要的目的，能在多大程度上得到，需要进一步观察。同样，作为台湾当局来讲，也是一样的情况。台湾想得更多的可能只是表面上的、眼前的东西，这是台湾的政治状况决定的。马英九不会想2016年以后的事。
第二，"台日渔业协议"本身相对而言，不是个特别重大的问题，但之所以受到重视，是因为在当前的形势下，它牵动了中日关系，也牵动了两岸关系。比方说，假如在1997年、1998年，日台要达成一个协议，就不会有今天这样的重视程度;而如今，包括在岛内、在日本，甚至国际社会，大家重视这个事件的背景就在于中日钓鱼岛争端激化的情形之下。所以，中日的钓鱼岛争端是根本性的问题，"台日渔业协议"所以受到前所未有的关注，原因就在这里。大陆学者更须关注和认真思考的，恐怕还是中日钓鱼岛争端如何处理的问题。
