最终，蒋介石以赴前方研究战区经济为由，将马寅初秘密关押在贵州息烽军统集中营，之后又转押江西上饶集中营、重庆歌乐山等地。在此期间，马寅初不但失去人身自由，还被禁止演讲、禁止担任公职、禁止发表文章。一直到1945年8月，在中国共产党及国内外舆论的压力下，马寅初才重获自由。这位经济学家在复出的第一时间就提出了自己的政治主张："今日中国之最大事业，要先走上民主的路，而后方可解决经济问题。若反其道而行之，就是舍本逐末。"
"新人口论"引发大批判
新中国成立后，马寅初先后担任华东军政委员会副主任、中央人民政府财经委员会副主席、浙江大学校长、北京大学校长等职务。他看到新中国科技进步、医疗发展，人口出生率上升，国民平均寿命延长，人口数量激增。1953年全国人口普查结果表明，中国人口已近六亿，并且以每年一千二百万人左右的速度持续增长。马寅初于是转身投入到人口学研究领域。
经过五年的实地调查和分析研究，1957年7月15日，七十五岁高龄的马寅初在《人民日报》发表了《新人口论》。在文章中,马寅初指出人口多、资源少是我国很严重的矛盾。建国以来，我国人口增长率平均约为千分之二十，以此推算，如不控制人口，五十年后全国人口将达到十六亿。马寅初认为，人口既是资源也是负担，要保住这个大资源，去掉这个大负担，办法是提高人口质量，控制人口数量。
《新人口论》发表后，引起全国性的强烈反响。起初毛泽东并不反对马寅初"控制人口"主张，甚至颇为赞赏，但是随着"大跃进"的发动，毛泽东从生产和革命的角度出发，认为"六亿人口是一个决定的因素，人多热气高，干劲大"。即使将来发生第三次世界大战和核战争，"顶多会毁灭我们一半，我们还有三亿人，怕什么？"从此，主流的人口观点也风向陡转。马寅初和他的《新人口论》成为批判的靶子，被说成是"利用人口问题诋毁社会主义制度"，是"马尔萨斯主义在中国的翻版"，"向党进攻的大毒草"。在康生的直接指挥下，1958年到1959年，学术界掀起了一场针对马寅初的大批判。上万份大字报贴了出来，甚至贴到了北京大学，贴到了马寅初的书房里，要求马寅初悔过检讨。
