阻击开始后，朱德指挥红四团打退了敌人十几次冲锋，最后举行反冲击，将敌人赶出50里外，然后迅速退回到赤水河，在浑溪和敌人争夺一座浮桥后，顺利地过了河。
与此同时，周恩来带着工兵部队忙碌一夜，在元厚架设了浮桥，打通了三路纵队过河的道路。1月29日拂晓，各路纵队过了赤水河，进入四川南部的古蔺县境。红军到达四川，此时川军刘湘已采取措施阻击红军北上，所以红军处处遇到敌人阻击，毛泽东认为此地不可久留，在2月3日的政治局会议上提出，主力向云南省扎西前进。2月5日，总部到达威信县一个鸡鸣三省的村子(今水田寨)，政治局在此开了三个小时的会议，做出三项决定：第一，博古正式向张闻天交权，张闻天接过大印，宣誓就职；第二，毛泽东正式成为周恩来军事指挥上的帮助者；第三，博古担任总政治部代主任。2月8日，红军到达扎西地区。红军总部进了扎西城后，张闻天主持召开了政治局会议，史称"扎西会议"。会上，张闻天宣读遵义会议正式决议。接着，毛泽东总结土城战斗情况，指出土城战斗打的是消耗战，是一场不大不小的败仗，教训之一是对敌情判断失误。
二渡赤水，毛泽东进入"三人军事指挥小组"，成为红军最高首长，周为毛帮助者的格局形成
蒋介石的飞机侦察到红军一渡赤水动向，调集30万大军分四路向红军靠拢。毛泽东在分析情况后指出，我们"只有回师东进，二渡赤水，再占遵义。我的理由是敌人注意力在川南，遵义空虚"。
接着，鉴于土城战斗伤亡较大，为适应战斗需要，毛泽东提出整编部队的建议，具体方案是：除一军团保留师的编制外，其余取消师的建制，师长、团长、政委层层下放，充实基层单位，对笨重物资再次精简。
红军整编后士气大振。2月19日、20日，分别在二郎滩、太平渡二渡赤水，黔军六个团在娄山关一线阻击红军东进。
欲取遵义必占桐梓和娄山关，毛泽东决定发起遵义战役，以红五、红九两个军团在桐梓以北官店构筑工事，阻滞川军南下，保障北线稳定，以红一、红三两个军团向桐梓、遵义攻击。
