国民党的选举胜利，进一步抬高了宋教仁的政权预期和政治热情。到处演讲自己理想中的议会政党责任内阁的宋教仁，实际上是在从事着一生中的最后冲刺，然而等待他的，却是沪宁火车站的一场血腥暗杀。
1913年3月20日晚上10时40分，宋教仁在上海沪宁火车站准备乘车时，被凶手武士英从背后开枪暗杀。陪同武士英执行暗杀任务的，是与国民党方面的前沪军都督陈其美关系密切的吴乃文、陈玉生、冯玉山、张汉彪。到火车站为宋教仁送行的，是国民党方面层级更高的吴颂华、拓鲁生、黄兴、陈策、廖仲恺、于右任、吴铁城等人。吴乃文、冯玉山等在安排武士英充当杀手的同时，还预先安排了到巡捕房举报应夔丞涉嫌犯罪的虚假线人王阿法。就是这样一桩并不十分复杂的刑事案件，通过国民党方面疑罪从有的宣传造势，直接导致了号称"二次革命"的国内战争。由于军政实力过于悬殊，"二次革命"很快失败。流亡日本的孙文在陈其美等人支持下，另行创建中华革命党。一举消灭国民党军政实力的袁世凯，在没有强有力的政治反对派监督制衡的情况下，一步步走向他所梦想的皇帝宝座。
1916年5月18日，宋教仁案的第一嫌疑人陈其美，惨死于张宗昌、程子安等人组织的另一场暗杀行动。涉案的张宗昌是与陈其美有着多重恩怨的青帮大佬李征五的老部下，程子安是曾经被陈其美牺牲出卖过的张秀泉、韩恢、胡侠魂等人的老部下。黄兴在宋教仁遇刺后也曾作有挽联，从中可窥暗杀景象："前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年杀宋教仁；你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说是袁世凯。"
暗杀，就这样裹挟着民国踉跄前行。
在同盟会及国民党内部，"英而不雄"的宋教仁是最早也最为坚定地反对孙文"作事近于专制跋扈"的一个人。但是，他既没有像章太炎、陶成章等人那样，公开站出来向孙文进行挑战；也没有像张百祥、刘公、孙武、焦达峰等人那样，另行组织共进会自行其事；而是与谭人凤等人一起，局限在同盟会内部对孙文实施架空虚置。等到辛亥革命胜利之后，组织缔造国民党的宋教仁，一方面在国民党内部继续对理事长孙文实施架空虚置；另一方面又打算在国民党占据较大优势的议会中，通过议会政党的责任内阁，对大总统袁世凯实施同样性质的架空虚置，以实现自己充当实权总理或者说是"太平宰辅"的政治理想。
