同盟会在黄兴（庆午）的倡议之下，没有经过正式的选举程序就推举孙文（逸仙）为总理，是8月20日第二次会议上的事情。据宋教仁在当天日记中记载，与会人士仿照欧美各国三权分立的宪政原理，当场选举司法部职员8名，评议部议员20名；然后没有经过选举和评议程序，就由孙文当场任命执行部职员8名。但是，随着包括程家柽在内的任事诸人先后离职，负责"司法"的司法部一年之后便无形取消；负责"立法"的评议部，也因为各议员先后回国，一年之后便形同虚设。三权分立的制度设计，最终依然落实为总理孙文的一人专权，以及同盟会内部一次又一次的无序斗争。
1907年2月28日，宋教仁在日记中记录了发生在孙文与黄兴之间的激烈冲突："七时至《民报》社与黄庆午言余辞职事，庆午不应。良久，庆午忽言，欲退会，断绝关系，其原因则以□□□以己意制一新国旗，而庆午以为不善，请其改之，逸仙固执不改，并出不逊之言，故庆午怒而退会……作事近于专制跋扈，有令人难堪处故也。"
过了一段时间，黄兴与孙文言归于好。宋教仁与孙文之间，却一直保持着微妙关系。
在同盟会内部，比宋教仁年长22岁的湖南同乡谭人凤，是年龄最大、阅历最深的，也是与宋教仁最为投缘的。在《石叟牌词》第二十九首的"叙"中，谭人凤介绍说，1911年8月，彭寿松来信告知湖北情形。9月中旬，湖北方面的同志来电催促同盟会中部总会前往主持。由于谭人凤生病，宋教仁在9月20日的会议上答应，将于10月11日前往湖北。9月25日，杨玉如、居正到上海通报情况，被关在监狱里面的文学社领导人胡瑛也派人来索要炸弹。宋教仁询问各方面情况，结果却是茫无所知，便决定滞留上海等待从香港赶来的黄兴。谭人凤判断湖北方面情况紧急，于10月3日召开会议催促宋教仁前往。宋教仁答应中秋节也就是10月6日过后一定前往，等到中秋节，他又以于右任不在民立报馆自己无法脱身为借口不愿动身。谭人凤大为愤怒，带药出院后于10月8日再次开会，会后立即赶往南京，邀约相关同志准备响应。10月10日，谭人凤与居正一起乘船赶往武汉，船到九江时，"黎元洪为都督之名义，已喧嚣于耳鼓矣"。
