这种"风头正健"的日子仅仅维持了六个月。1968年2月21日晚上，李敦白被关押到秦城监狱中。后来才知道，江青和康生早在前一年初夏就开始对他进行秘 密调查，决定把过去欣赏、提拔的这个美国人"搞掉"。突然有一天，他发现报纸上"文革"的消息不见了，江青等人的名字也不见了，再后来，听到了江青又高又 尖的声音。他知道，江青进来了，他该出去了。1977年11月19日，经过9年零8个月零1天的关押，李敦白被释放出狱，成为了外国专家造反派中最后一个 被释放的人。他在中国监狱一共呆了16年。
1982年，李敦白得到了一份彻底的平反结论。平反结论认为"李敦白同志1945年到中国以来，为中国人民做了许多有益工作，对中国人民的革命事业是有重 要贡献的"，并将1968年入狱定为"被错误关押审查"、"纯属冤案"，"应予彻底平反"。1980年3月17日，李敦白携妻子儿女回到了阔别35年之久 的美国。晚年的李敦白与妻子在美国注册了一家公司，名称就叫"李敦白有限公司"，专门为在中国做生意的美国公司做咨询顾问，用他自己的话说，就是"以一种 新的方式，做些实际的、对中国有益的事情"。
