此时的郭潜，刚从桂林领取上级组织汇来的十万元经费返回，已经到达曲江。南委在接到谢育才报警后，在5月24日给郭潜发了让他撤离的电报，但郭潜完全丧失警惕，收到电报后没能及时把密码译出。5月26日，他被中统特务逮捕。面对特务的突击审讯，郭潜提出三个条件，一是从桂林领回的南委经费给他一万元（后来他实际拿了三万元），二是不公开叛徒面目，三是保证人身安全。中统特务知道南委组织部长的位置非常关键，一旦策反成功，将会对南委地下党组织予以重创，于是爽快地答应了他的条件。郭潜随即叛变。
位于大埔县枫朗镇的中共南方工作委员会旧址
叛变当晚，郭潜就带着特务破坏了粤北省委机关。28日晨，郭潜译出了南委要他撤退的电报，中统特务们据此认为南委已有准备，再破坏已不大可能。郭潜却说，抓紧去还有可能。于是，郭潜带着特务于5月30日赶到乐昌，把由香港撤退回来的中共南方局委员廖承志逮捕。随后，郭潜又带领特务前往南委机关所在地大埔，逮捕了南委副书记张文彬（后牺牲）和宣传部长涂振农等一批党员。在破坏南委机关后，郭潜又带领特务前往广西，破坏了广西的地下党组织。特务们还派郭潜去诱降廖承志。郭潜走进廖承志的囚室，刚一开口，廖承志就愤怒斥责："叛徒，可耻，你不配跟我谈，滚！滚！滚！"郭潜只得灰溜溜地走了。
从此，郭潜走到了革命的对立面。
