中央红军和张国焘率领的红四方面军会师后，郭潜被派到地方工作。不久，张国焘因与中央就下一步行动方向发生分歧，意图以武力胁迫中央，从而导致了红军的分裂，中央红军单独北上，张国焘则另立中央。郭潜未随中央红军北上，担任了张国焘把持下的中央机关刊物《干部必读》的总编。
1936年7月，经从苏联归国的张浩做工作，张国焘同意取消自立的党中央，并经中央同意成立了以张国焘为书记的中共中央西北局。郭潜也进一步受到重用，被张国焘任命为西北局秘书长，并兼任了甘肃省工委宣传部长。不久，长征结束，郭潜被调到中央宣传部工作，同时在抗大兼任政治教员，讲授中国革命运动史。在此期间，郭潜曾负责审查江青的党籍问题。
1938年1月，中央抽调郭潜在内的一百多名干部随同张云逸前往时在南昌的新四军，并以新四军军部为掩护成立了以项英为书记的中共中央东南分局，郭潜担任了东南分局秘书长。不久后，东南分局撤离南昌，经中共中央批准，成立了江西省委，郭潜先后任省委秘书长、书记。
