出狱后拒当教育局长
加入新四军成立抗日自卫团
重获自由的巫恒通先到教育厅所在地淮阴述职，向好友致谢。然后婉词谢绝新职，风雨兼程渡江南下。巫恒通回到姚家桥时，正赶上新四军一支队司令陈毅到管文蔚处视事，三人相会畅谈抗战大计。
巫恒通与陈毅长谈之后，次日便送长子巫健松到新四军军部教导总队学习，决心投笔从戎，跟随共产党抗日救国。他受命在句容东北区组建武装，因为这里层峦叠嶂，居高临下，足以扼制长江及京沪铁路，地势险要。他联络两股武装，合编六十余人的一支队伍，改称"句容县东北区民众抗战自卫团"。巫恒通任团长。随后，在陈毅帮助下，队伍不断壮大，很快发展为5个大队。1939年11月，新四军江南指挥部建立后，陈毅、粟裕将巫恒通部编入新四军，改编为新三团。
档案资料记载，巫恒通随后率部转战茅山，其胞兄巫恒仁及怀有身孕的嫂子，自己的弟弟都在战斗中牺牲，他依然战斗在最前线，不断粉碎日军扫荡，使新三团成为一支抗日劲旅。
