1941年1月，新四军军部及所属九千余人奉命北上转移途中，遭到国民党包围袭击，大部分壮烈牺牲，发生震惊中外的皖南事变。与此同时，日寇趁机反复扫荡茅山抗日根据地，新三团在失去主力支持下，与日寇重兵连续奋战，处境异常险恶，但巫恒通率军连续苦战而不溃。
1941年春，新四军奉命改编，新三团与长滆人民抗日自卫团合编为新四军六师十六旅四十七团。同时，又自上而下建立各级抗日民主政府，茅山地区划为第五行政区，巫恒通改任第五行政区督察专员兼句容县长。
在敌伪包抄下穿插游击
幼子被鬼子抓去当人质软禁
句容市档案馆档案资料中记载，在1941年春，巫恒通不顾艰险返回茅山，在敌伪日夜包抄下穿插游击，边恢复抗日根据地，边开展民主政权运动。敌人对此非常惊恐，却又无可奈何，竟将其子巫健柏软禁起来。
