毕业后，巫恒通在无锡县立第四小学任教，不久调任地方教育指导员。此后历任句容县女小校长，南通师范附小教师、句容县督学、泰兴县教育局长等职，以德才兼优闻名苏南教育界。
巫恒通从事教育十余年，梦想着教育救国。但连年军阀混乱，教育何能救国呢？档案资料显示，他曾经产生过怀疑。在国家内忧外患，生死存亡之际，抗日运动席卷全国，巫恒通也深受影响。西安事变发生时，巫恒通任泰兴县教育局长，他关切时局，有了投笔从戎的想法，寻求机会为国请缨。
抗战爆发集结人力
欲开展游击却被诬陷入狱
句容市档案馆馆藏档案历史资料记载，1937年，随着抗战的全面兴起以及"八·一三"淞沪会战爆发，上海军民奋起抗日。巫恒通也与友人策划抗日活动，支援前线爱国将士。然而，12月5日句容沦陷，12月13日南京失守，抗战形势令人莫测。泰兴县县长单成仪等顿时惊恐万状，不待敌至，纷纷弃城奔逃。此时，身为教育局长的巫恒通即相约泰兴县警察局长张恨愚，集中200余人和枪支，向泰州、高邮转移。泰兴至洪泽湖一带曾在共产党领导下组织过农民运动，向来有革命倾向，所以他们计议奔赴洪泽湖开展游击。
