邓小平和习仲勋较早共事，就是处理新疆问题。1953年2月20日，邓小平召集习仲勋等开会，研究新疆民族区域自治实施计划问题。会议认为，建立新疆维吾尔族自治区的方案是可以同意的。实施步骤是：先帮助境内其他聚居的少数民族逐步实行区域自治，最后建立新疆维吾尔族自治区。在具体进行中要真正做到各民族人民充分酝酿成熟，不必太急;完成期限以规定到1954年底为宜。24日，邓小平给毛泽东写了书面报告。报告认为，考虑到在目前情况下搞好新疆的区域自治还有一个较为关键的问题，"即如何适当的教育维吾尔族的广大干部克服某些大民族主义的思想，真正从思想上切实执行中央的民族政策，搞好各民族的团结"。建议：如中央同意，拟即本此精神约集(习)仲勋、(李)维汉、包尔汉、赛福鼎等同志共同谈一次。
经过批准，3月17日上午，邓小平召集习仲勋和李维汉等开会，研究《新疆民族区域自治实施计划(草案)》。27日，邓和习、李书面报告毛泽东并中共中央，提出重要建议：第一，基本同意《新疆民族区域自治实施计划(草案)》。第二，在新疆推行民族区域自治，是一件极为重大的事情。因此，"必须加强党的领导，充分做好准备工作"。可在土改基本结束后，先从维吾尔族以外的其他少数民族聚居区着手推行，取得经验，而后逐步完成全省范围的区域自治。
