1959年3月，习仲勋出席在上海举行的中央政治局扩大会议。31日傍晚，他看到会议发的《关于国家机构和人事配备方案(草案)》征求意见文件，其中提名自己为副总理人选，他当即表示：转请中央考虑更为合适的人选，自己还是把现任的工作做好更为有利。并致信毛泽东和邓小平表达自己的想法。但毛泽东等仍坚持既定的人事配备方案。4月，习仲勋被任命为国务院副总理兼秘书长。
然而，习仲勋担任副总理还不到4年时间，就在1962年9月中共八届十中全会上被康生诬告"利用小说进行反党"而遭停职审查，后又在"文化大革命"中遭受残酷迫害，被审查、关押、监护前后长达16年之久。
