甲午战争之后，中国对日本的看法由"蕞尔小邦 "变为"东洋强国"，在各领域上开始向日本学习。到20世纪初，日本顾问已经渗透了中国的各个领域。1896年，中国政府聘用了第一名日本顾问，到1904年，中国政府中日本顾问的数量已经增加到218人。1898年，张之洞为武昌武备学堂聘用了大原武庆，这也是中国军队的第一名日籍军事顾问。据日方统计，到辛亥革命以前，日本军事顾问出现在保定、天津、安庆、武昌、南京、杭州、成都、贵阳、福州、广州等地。当时最热衷引入日本军事顾问的中国将领是袁世凯，1900年袁世凯以山东巡抚身份引入青木宣纯，随后又先后聘用了坂西利八郎、寺西秀武等人。在袁世凯的带动下，整个北洋系大量引入日本顾问。
同样是在袁世凯的帮助下，青木宣纯开始在北京建立日军在中国最初的情报组织。但是由于日俄战争爆发，青木与柴五郎等人都转向对俄及对东北情报，而为袁世凯服务的任务则被交给了坂西利八郎。这次任务交接，实际上导致了日军"中国通"中两大派系的出现，即坂西系和青木系。日本人有闹派阀的传统，加上当时日军在中国建立情报组织主要依靠个人关系，这使得日军"中国通"带有浓厚的派阀色彩。首先，是南派和北派之争，张之洞系统的寺西秀武(驻武昌)和本庄繁(驻上海)在辛亥革命爆发前后对南方革命党给予了大量的财力物力支持，甚至专门为革命党起义筹措武器。北方支持袁世凯的青木和坂西，则在日本国内四处游说，希望政府支持袁世凯统一南北。
"中国通"们的个人倾向，在随后几十年中，几乎成为"中国通"圈子里面最重要的事件，破坏了日本政府和军界对"中国通"的信任。例如在二次革命前后，"中国通"纷纷回国活动，或鼓吹中国南北妥协，或鼓吹袁世凯政府具有法统，坂西干脆趁此时抛出"中国吞并论"，要求日本政府直接介入中国。但正是因为"中国通"互相拆台，军部和山本权兵卫内阁判断中国局势错综复杂，最终日方选择静观其变，导致"中国通"们在中国各派系面前名誉扫地，日本国内也普遍认为"中国通"们因私废公。
这一时期，北方的青木和坂西，已经建立起了两个比较成熟的情报机关，即北京的坂西公馆和天津的青木公馆。有趣的是，这两处房产最初的所有者都是青木宣纯，但实际上负责情报工作的，则是坂西一人。这两处公馆的日常运作模式主要是组织各种有中国各派人物参加的社交活动，同时在公馆内建立固定的"研究部"和"情报部"。抗战时期最臭名昭著的"中国通"冈村宁次和土肥原贤二，分别曾担任坂西公馆的研究部辅助官和情报部辅助官。
