1940年1月6日，《新华日报》原拟刊登社论《论冬季出击的胜利》，但稿件在送审时被以"系军事论文"为借口扣留；《新华日报》决定改登另一篇社论《起来，扑灭汉奸！》。然而，这篇社论又未通过审查。为了抵制国民党当局的刁难，《新华日报》毅然采用"开天窗"的斗争手段以示抗议。
这日的《新华日报》在原社论的位置仅刊印了八个大字--"抗战第一！胜利第一！"旁注两行小字，对"开天窗"缘由予以说明："本日两次社论：一、论冬季出击的胜利(代论)；二、起来，扑灭汉奸！均奉令免登尚望读者原谅是幸！"
双方的矛盾到"皖南事变"发生后变得白热化，但这一段"艰苦岁月"常令新华报人引以为豪。
"皖南事变"三天后，1941年1月17日，周恩来写下"千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急！？"，准备拒绝新闻审查，直接登在《新华日报》上。一位30岁的新闻检查官当晚还待在报社的会客厅，章汉夫与他进行了一番有趣对话。
新闻检查官(简称"新")："章先生，你们明天不要登反政府的新闻和文章，体谅我苦衷，明天报上没有什么事，大家都过得去，我也就好交差了。"
章汉夫(简称"章")："你过去什么学校毕业的？"
新："燕京大学。"
章："为什么干新闻检查官？"
新："一个人总得有职业嘛，我学过新闻。"
章："你，大学毕业生，年纪轻轻，什么事不能干，要去干这种不名誉的差使。这对你有什么好？真替你惋惜。"
新："嗯，好吧，哈哈。咱们为公事，我办完就走，无意同你们吵架。至于说新四军嘛，不听中央军令，总是不对的吧。"
章："新四军奉我党中央命令北撤，有什么不对？"
新："不谈这些了，章先生说明天报上不登'免登'新闻，那就好了。"
章："我们明天一定不登揭露的新闻，但是你们休想一手遮天。你去罢，半夜三更待在这里干什么。"
新："好，好，好，不登就好，我再坐一会，等报纸印出来了再回去。"
章："还不放心？共产党讲话，一就是一，二就是二。"
新："没别的意思，职责所在啊。"
面对死活不走的新闻检查官，报社略施小计，印了两个版面，一个版面用来应付新闻检查官，把他打发走后，换上另一个刊有挽诗的版面大量付印。第二天大早，报纸已被贴在大街小巷的阅报栏，令国民党高层相当震惊。那位可怜的新闻检查官有没因"失职"遭到撤办，则难以查考。
此后，报纸多采用"皮里阳秋"、"含沙射影"、"嬉笑怒骂"、"指桑骂槐"等文风来批评国民党和蒋介石，令官方相当头疼。
鉴于《新华日报》的"不听话"和"惹麻烦"，国民党黔驴技穷之下，1944年春的党政军联席会议上，有人提出，共产党可以在国统区办报，延安却没有其他党派及其报纸，因而作出决定，创办《中央日报》延安版，交付国民党中央宣传部来执行。
《中央日报》派出主笔张文伯参加中外记者西北参访团前往延安摸底，张文伯出行前向国民党中央宣传部询问："如果中共不同意，咋办？"得到的答复是："那更好，我们就对等地取缔《新华日报》。"
张文伯7月中旬参访回来汇报说，宣传部给记者团配备一部电台，到延安后无法架设，多次交涉仍无法解决。"《中央日报》要出延安版，电讯不通，新闻稿的来源就成问题。边区那里组织太严密，国民党人根本无法在那里活动，延安版就算印出来了，也无法发行啊。"
国民党只得作罢，《中央日报》延安版与取缔《新华日报》的阴谋均宣告破产，党又一次在新闻战线大获全胜。
解放战争爆发后，《新华日报》仍在国统区坚持斗争。
抗战胜利后，在包括共产党等各方力量推动下，国民党筹办"宪政"，取消战时体制，《新华日报》的风格更加大胆泼辣，在解放战争中为"第二条战线"的斗争立下汗马功劳。
1947年，战事日益吃紧，坊间一直谣传，说共产党将在重庆发起武装暴动，国民党终于决定拔掉国统区的"红旗"。2月28日凌晨，报社收到重庆警备司令部的文件，要求《新华日报》自28日三时起，停止一切活动。
当夜，国民党大动干戈，出动五千军警包围报社，原以为报社内暗藏武装，结果发现没有武器，也未遭到武力抵抗，这才撤走大部分警力，遂又赶紧"以礼相待"，成立"渝共财产清理委员会"，假装把报社财产登记造册，好像意味着暂时接管，未来还会归还给共产党。
2月28日，《新华日报》在国统区出版完最后一期，宣告停刊。3月8日和9日，报社员工分批乘飞机离渝，重庆警备司令孙元良亲自到机场送行，给每人送上一份"告渝共人员书"，附有一袋面包和水果。报社职工们告别斗争了9年的国统区，安全撤回到延安。
1949年4月23日，解放军攻下南京，周恩来宣布复刊，《新华日报》又回来了！
