到8月份，蒋介石密邀周恩来赴南京谈判，迎来大转机。在蒋介石的首肯下，政府同意共产党在南京出版《新华日报》和《群众》周刊。
在南京期间，周恩来拜访国民党中央宣传部部长邵力子，商讨中共在国统区办报事宜，邵力子签署文件，正式批准中共在南京筹办《新华日报》。周恩来相当机智，又去探望时任监察院院长的国民党元老于右任，请他题写报头，于右任欣然允命，提笔写下"新华日报"四个字。
拿到"准生证"，潘梓年、章汉夫立即组织人马于10月份开始筹办《新华日报》，但因为上海、南京相继沦陷，报纸的筹备工作转移到汉口。
武汉的筹备工作万事俱备之后，向政府登记注册却遭遇了点小插曲。报社派人去湖北省政府注册，拿着邵力子签字的文件，对方半信半疑："你们共产党要在我们省办报，我们得向中央请示。"这事被暂时拖了下来。
12月21日晚上，周恩来、王明、博古与蒋介石会谈时再提到《新华日报》出版问题，蒋表态"完全支持"，湖北省方面只得打开绿灯。
1938年元月上旬，《新华日报》举行隆重的创刊大会，汉口市长吴国桢及党政军诸多名流应邀赴宴，可以说一出生就相当荣耀。
报社还在《大公报》、《武汉日报》显要位置刊登广告，宣称《新华日报》是"非常时期人人必读的报纸"。就这样，1938年1月11日，第一期《新华日报》在汉口面世，"红旗"终于又插在了国统区。
"红旗"不倒，《新华日报》资金充裕。
当年中国报馆的体制，通常在社长之下设经营和采编两大块，分别由总经理和总编辑执掌；总编辑下辖采访和编辑两部门，实力较大的报馆会另设"主笔"掌管言论。
《新华日报》与各报的体制皆不同，主要采用苏联报纸体制。它设有"党报委员会"，隶属中共长江局，委员会由周恩来、博古、王明等人构成；报馆还有"董事会"，王明、邓颖超等人为董事会成员。武汉时期，王明任董事长，到了重庆时期才由周恩来兼任董事长。
报馆还引入苏联报纸特有的"编委会"，由潘梓年、章汉夫等人领导日常编辑事务。自《新华日报》始，后来的党报都沿用了这套体制。
办《新华日报》，党不惜投入最精锐的文化和经济人才。熊瑾玎到位后，潘梓年让出暂代的总经理职位去当社长。
熊瑾玎是个务实型经营之才，"要做事，就要有钱"是其一贯主张，他经常能为党筹集到活动经费。他在上海搞地下活动，开了三家酒店，一个钱庄，跟毛泽民共同经营印刷厂。为了不让"熊老板"的身份令人起疑，周恩来给他调来一个19岁的干练女党员朱瑞绶任会计课课长，二人伪装成夫妻(后来弄假成真)。
《新华日报》既然要在国统区生存，风格不能办成延安那种百分百的苏维埃报纸，自然重视"市场营销"，重视"大众路线"。但它毕竟不是市场化报纸，而是承担着统战和宣传重大任务的党报：向读者传播党的理念和政策；介绍苏联政治和社会方方面面；对群众团体、国民党中高层和美国(太平洋战争爆发后)进行统战，为党的生存发展营造良好舆论空间。
因此，《新华日报》的广告难以企及《大公报》这类市场报纸，无法靠广告收入维持庞大开销。《新华日报》具体的发行和经营状况至今没有公布过档案，但从不少相关史料能窥叶知秋。
每卖一份报纸，要赔本五厘至一分，《新华日报》还向各机关、团体赠阅大量报纸，《新华日报》发行量一度达到了3万份，发行越多，亏损越大。
办报经费来自党的拨款，党员不定期捐助，还有不多的办报收入。周恩来、邓颖超、董必武等人在国民政府或参政会任职，薪水不菲，经常拿出工资来捐给报社，但这点钱对一个报馆来说杯水车薪，尤其在"皖南事变"后，国民党停止给八路军发放薪饷，党的经费也不宽裕。
《新华日报》这面"红旗"长期不倒，四川最成功的大资本家任宗德功不可没。每当报社难以为继时，任宗德总是慷慨施予援手，明面上"借钱"，实际上"赠予"，少则数百万，多则上千万。
作为《一江春水向东流》、《三毛流浪记》、《八千里路云和月》等电影制片人的任宗德，是当时的进步商人。用熊瑾玎的话说，任宗德的"国防动力酒精厂"就是《新华日报》的金库，随用随取。
因为资金充裕，《新华日报》自办造纸厂，解决了战时纸张短缺问题；自办发行，不受制于他人。抗战期间大多数报纸为纸张和资金发愁时，《新华日报》从来不会被这种问题困扰。
一份在国统区斗智斗勇的报纸。
南京政府早在1930年就推出了《出版法》，1937年又再次颁布《修正出版法》。抗战爆发后，南京政府因应抗战，在政治、经济、宣传等各方面建立了战时体制，"战时新闻审查制"为战时体制的重要部分。
《修正出版法》则被一系列战时新闻法规所代替，其效力在抗战结束后才恢复，并一直沿用到台湾。
《<修正出版法>实施细则》、《战时新闻违检惩罚标准》等构成战时新闻审查的核心法规，承担新闻检查的机构为"军事委员会战时新闻检查局"或"新闻检查所"。
尽管国民党有很多战时新闻法规，但这些法规多采用"列举式"，可新闻报道所涵盖的内容包罗万象，非几部法规能够囊括；另外，报纸众多，其审查人力有限，执行效力大打折扣。各报均总结出一套对付新闻审查的办法，《新华日报》在这方面自然经验丰富。它当年的很多文章，今日翻阅，仍有"惊艳新奇"的感觉。
《新华日报》创刊才一个月，即向《扫荡报》等发起关于"一党专政"问题大论战。《新华日报》穷追猛打，在一版登出《毛泽东、朱德最近抗战言论集》。最后迫使邵力子亲自来信，说敌方广播已为此大做文章，务求停止论战和发表。国民党方面示弱，《新华日报》初战告捷，令全社欢欣鼓舞。
初期，《新华日报》与新闻审查机构的矛盾尚不尖锐。一方面国民党的战时新闻审查机制从1939年才开始逐步完善和强化；当时的抗战尚未进入最艰难时期，共产党力量还比较微弱，双方矛盾还未激化。
有趣的是，这战时新闻审查制和特殊的两党关系，一定程度上也保护了党。抗战初期，苏联是中国唯一外援国，蒋介石顾及这层关系，对于前方军队和各报传来的涉及共产党的负面消息，他同样下令宣传部给予扣押不发。
《新华日报》批判张国焘叛逃，讨论陈独秀是否是汉奸这两大议题，曾掀起不小风浪。尤其在陈独秀问题讨论上，差点给开局良好的统战局面造成毁灭性打击。甚至连那些对共产党友好的各界名流也纷纷站出来为陈独秀辩护，指责《新华日报》污蔑。陈独秀一怒之下声称要诉诸法律，跟延安打官司，顿成全国轰动新闻。周恩来为免事态扩大，其后，亲赴四川江津，前往陈独秀家中劝说和解释，这才渡过险关。
抗战期间新闻战线数次战役，均以我党大获全胜告终。
迁到重庆后，《新华日报》是让审查机关最头疼的报纸。前文所说的开天窗就是这场新闻宣传战争的一场战斗。
