1937 年12 月13日，日军占领南京后，十多万日军烧、杀、淫、掠的"恐怖嗜血之剑"完全出鞘了。日军首先把屠杀指向那些被俘的中国军队的伤病员与已经放下武器的中国军队官兵。
12 月15日，松井石根通过"华中方面军"参谋长塚田攻发出指令："两军在各自警备区内，应扫荡败残兵。"所谓"扫荡"，就是屠杀的代名词。12 月18日松井石根在南京"巡视"期间，又命令："混杂的军人都应予以'纪律肃正'。"所谓"纪律肃正"，也是指屠杀。
1947 年3 月10日，南京政府国防部组织的"审判(日本)战犯南京军事法庭"公布了松井石根的"扫荡肃正"结果：日军在南京大屠杀中，大规模集体屠杀共有28案，屠杀19万多人；零星屠杀有858案，屠杀约15万人。总计日军屠杀中国战俘与难民达30余万人。
1937 年12 月20日，松井石根在"巡视"南京时，自己就亲眼看到下关江边尸横遍野的惨景。他在阵中日记中写道："午前10时出发，视察挹江门附近及下关。此附近仍狼藉不堪，尸横蔽野，亟待今后清理。"
松井石根在指挥日军进行持续多日的血腥大屠杀外，还进行疯狂的抢劫、奸淫、焚烧等，以加强恐怖威慑的力度。日军在侵占南京后所疯狂进行的烧、杀、淫、掠等战争暴行，使南京变成了人间地狱。
为了进一步对中国进行战争恫吓与恐怖威慑，松井石根在日军攻占南京后仅四天的12月17 日，在日军正对南京进行屠城的高潮中，急不可耐地组织了一场盛大的占领南京的"入城式"。下午2 时30分，在国民政府大楼前的院子里，日军举行了有陆海军高级指挥官参加的"入城典礼"。
