不但学科要调整，变为以军事课为主，如"化学师生可从事军用品制造"；教育对象也要调整，须"以民众为对象"，"高中以上学校与战事无关者，应予以改组或即停办"。这种意见，在师生内部也相当普遍。南京失守后，北大、清华、南开三校组成的"长沙临时大学"准备再度南迁至昆明，决定甫一颁布，即在校内师生间引起激烈辩论。
许多批评者认为：在国家急需调动三湘民众起来抗日的时刻，学校内迁至昆明，有损道义。学生自治会甚至派出了自己的代表前往武汉，向国民政府请愿，反对内迁，要求参加抗战。但也有部分教育界人士对上述意见持反对态度。如教育部高教司司长吴俊升认为教育是百年大计，只可因战争做若干临时调整，而不能全盘改弦更张。最具代表性的，则莫过于胡适向蒋介石的进言："国防教育不是非常时期的教育，是常态教育"。但这类意见，在当日并不占主流。
