除了日军正式派遣的"中国通"以外，这一时期，日军也开始借助民间势力对中国进行渗透，代表就是著名的汉口乐善堂。乐善堂是日本人岸田吟香在中 国建立的以销售眼药为主的贸易行。1888年，日军参谋次长川上操六派遣荒尾精中尉进入乐善堂，凭借其商业体系，开展情报工作。正是由于日军利用各种手段 收集中国的情报，在甲午战争之前，日方完成了长达两千多页的中国情报大全《清商通览》，汇总了自明治维新以后日本间谍所收集的关于中国军事、政治、经济、 文化、地理、交通等各方各面的情报，在情报战领域上完全压倒了中国。
甲午战争之后，中国对日本的看法由"蕞尔小邦"变为"东洋强国"，在各领域上开始向日本学习。到20世纪初，日本顾问已经渗透了中国的各个领 域。1896年，中国政府聘用了第一名日本顾问，到1904年，中国政府中日本顾问的数量已经增加到218人。1898年，张之洞为武昌武备学堂聘用了大 原武庆，这也是中国军队的第一名日籍军事顾问。据日方统计，到辛亥革命以前，日本军事顾问出现在保定、天津、安庆、武昌、南京、杭州、成都、贵阳、福州、 广州等地。当时最热衷引入日本军事顾问的中国将领是袁世凯，1900年袁世凯以山东巡抚身份引入青木宣纯，随后又先后聘用了坂西利八郎、寺西秀武等人。在 袁世凯的带动下，整个北洋系大量引入日本顾问。
同样是在袁世凯的帮助下，青木宣纯开始在北京建立日军在中国最初的情报组织。但是由于日俄战争爆发，青木与柴五郎等人都转向对俄及对东北情报， 而为袁世凯服务的任务则被交给了坂西利八郎。这次任务交接，实际上导致了日军"中国通"中两大派系的出现，即坂西系和青木系。日本人有闹派阀的传统，加上 当时日军在中国建立情报组织主要依靠个人关系，这使得日军"中国通"带有浓厚的派阀色彩。首先，是南派和北派之争，张之洞系统的寺西秀武（驻武昌）和本庄 繁（驻上海）在辛亥革命爆发前后对南方革命党给予了大量的财力物力支持，甚至专门为革命党起义筹措武器。北方支持袁世凯的青木和坂西，则在日本国内四处游 说，希望政府支持袁世凯统一南北。
