中央军委同时电令：西北军区部队一部于川、甘边藏区扫荡甘南藏族自治区境内之匪，配合西南军区在南线黑水歼敌。
随后，西南军区抽调2.1万人的兵力，同时命令空9师战斗机4架、空8师轰炸机5架、空13师运输机1架，配合地面作战。从西南公安部队司政机关和川西军区司政机关抽调人员，组织"川西军区黑水前线指挥部"，西南军区公安部队副政委郭林祥为前指总指挥兼政委，茂县军分区司令员张行忠为副总指挥，茂县地委书记、军分区政委任明道为副政委，川西军区参谋长唐健伯为参谋长，分别组成西、东、北三个指挥所兵进黑水。朱德总司令由北京飞抵重庆，坐镇总揽全局。
黑水有个头号匪首
黑水头号匪首是 "中华人民反共突击军249路中将副总指挥"傅秉勋。
傅秉勋是四川仁寿人，佃农家庭出身，1925年考入黄埔军校第5期，毕业后，曾任胡宗南部排长、连长、营长直到升任少将师长，后转赴四川军阀杨森部出任军长。两年前，他眼见时局维艰，又与四川军阀杨森交恶，一气之下将军费席卷一空，不告而别。蒋介石大为震怒，开除其黄埔学籍和国民党党籍，国民政府也以"携款潜逃罪"而通缉他。
