然而这一时期台湾当局拘泥于意识形态对立，将中国大陆视为"主敌"。1974年解放军收复西沙群岛后，台湾担心解放军下一步会向南沙动手，因此暗中向太平岛增派人员和装备，1975年高峰期太平岛驻军曾多达200余人。
台军黯然撤离太平岛
上世纪80年代，随着两岸关系解冻，太平岛台军与大陆南海驻军的关系也不再那么剑拔弩张。台军在太平岛通常驻有120人的海军陆战队，配备重机枪、40毫米速射炮、地空导弹等武器，火力堪称地区第一。1988年解放军收复南沙赤瓜礁后，当时台湾"立委"就此询问台军将领郑为元，如果大陆为南沙主权作战，台湾应该帮谁？郑为元不假思索便表示，"从理论上讲当然是帮大陆，毕竟南沙是中国人的土地。"
然而台湾"总统"李登辉上台后，尽管南海主权纷争已初显端倪，但为推进与东南亚国家所谓"实质邦交"，竟于1999年下令台军将太平岛防务转交给"海巡署"。但此等"自降身段"的做法并未受到东南亚有关国家的响应，反倒在诸多攸关南海争议的场合里，台湾屡遭排斥。
香港《亚太防务》杂志认为，台军若重返太平岛，将有效慑止越南、菲律宾的不轨举动，可与大陆共同维护南海"祖业"。但美国内心不愿两岸因南海争端联手对外，从而影响美国对台湾的掌控和深度介入南海。美国曾多次撕下"中立"的面具，通过在台协会公开阻挠台当局加强在太平岛的防御能力。
