1935年冬，张申府与刘清扬等共同发动和领导了北平的"一二·九"运动，担任游行总指挥。1936年2月，张申府和刘清扬被同时逮捕，在安定门内的陆军监狱被关了两个月，后由冯玉祥保释出狱。出狱之后，清华大学囿于当局压力把张申府解聘了。
1936年1月，北平文化界救国会成立，张申府被推选为大会主席团成员和救国会的执行委员，后又担任华北各界救国会的负责人，是爱国进步教授中一位活跃的较有影响的代表。张申府离开共产党之后还追随邓演达，与章伯钧、黄琪翔共同创办中国国民党临时行动委员会，即第三党。
1948年，张申府在储安平主办的《观察》写了一篇《呼吁和平》的文章，正是因为这篇"不合时宜"的呼吁和平文章，给张申府今后的政治生命带来了毁灭性的打击。11月15日，在香港的民盟总部第四次扩大会议开除了曾是创始人之一的张申府的盟籍。
12月16日，《人民日报》发表文章，"痛斥叛徒张申府的卖身投靠！"10天后，已进入东北解放区的张申府的夫人、中国历史上的第一个女共产党员、著名政治活动家刘清扬在《人民日报》刊登出离婚启事，标题为"张申府背叛民主为虎作伥，刘清扬严予指责"，并宣布与张申府从此仳离，一刀两断。至此，张申府已经身败名裂、众叛亲离。
