陈独秀还多次签发要求武装农民的文件或会议议决案。他在《中央通告第一百零一号--最近政局观察及我们今后工作原则》中指出，今后要提出"农民（民众）武装自卫"的口号。1926年7月，中国共产党中央扩大执行委员会会议关于农民运动议决案中将"武装自卫"单列为第九条，认为"农民现时要求武装自卫是必要的"，足见陈独秀及中共中央对武装农民的重视。此时，北伐战争业已展开，为了全力支持北伐，避免不必要的争端，议决案对农民的武装自卫又作了具体规定。指出：第一，农民的武装自卫是"防御的"而不是"进攻的"，"不要超出自卫范围（如干涉行政收缴民团枪械等）"，同时"不可有常备的组织"；第二，为避"免引起误会或嫉视"，"自卫军名目可易为自卫团或其他名目"；第三，"自卫团之组织，不要过于复杂，务取其简单容易行动"；第四，"自卫团之政治训练，尤重于军事训练，否则素无组织训练的农民，在有了武装之后，很易发生超出于客观限度以外的行动，甚至于为军阀或首领所利用"。不难发现，以陈独秀为首的中共中央对农民武装从名称、组织到训练及行动方针一一进行规定，将农民武装置于自卫范畴，但须可靠、有力，这不但有利于保卫农民的利益，继续推动农民运动的发展，而且可以保持后方的相对稳定，全力支持北伐战争。
随着北伐军的胜利进军，农民运动的中心逐渐由广东转到湖南，湖北、江西、福建、陕西、河南、四川等省的农民运动也都日益发展起来。为此，陈独秀及中共中央及时引导农民运动向更深方向发展。1926年11月，《中国共产党关于农民政纲的草案》中对农民运动的发展作了新指示："（一）推翻农村中劣绅的政权，并要由革命的农民建立平民的政权。（二）革命的农民参加县政府组织。（三）武装农民，乡村中一切武装势力受乡村的革命民众政权所指挥。（四）没收大地主、军阀、劣绅及国家、宗祠的土地，归给农民。（五）保证佃户在其所耕种地上有无限期租佃的权利，并由农会合同革命政权的代表规定租课额。"由此看来，在新形势下的农民运动之中，农民武装已成为建立和保卫平民政权的武装力量。这是因为"在革命战争的军事时期"，农民要取得土地或是实行减租，"非有农民自己的武装和政权不可"。可见，陈独秀从农民运动的发展中开始有意识地将发展农民武装与建立、保卫农民政权联系起来。
在陈独秀看来，农民运动也是"资产阶级的民主运动"，这是因为"中国还没有近代资本主义生产制的农业，因此佃农、地主间的土地关系，和地主对于佃农剥削方法，还是半封建制度，而不是资本主义制度即工银制度：农民运动的成分主要的是佃农与自耕农等小资产阶级，而不是无产阶级"。他认为，"农民推翻乡绅政权的暴动"乃是中国民主运动三种可能的形式之一，"此种运动才开始，将来或者是中国民主运动最后的最高的形式"。新民主主义革命的历史实践告诉我们，中国革命的性质是资产阶级民主革命，中国武装斗争的实质是无产阶级领导下的农民战争。陈独秀对于农民运动的认识已经触及中国革命性质和武装斗争实质的问题，并作了比较正确的估计。
