出狱之后,余程万自觉已无安身之处,便以"戴罪之身"的身份去了香港,据说后来余程万思乡心切,但是始终没有回到内地。到了香港之后,余程万完全摆脱了自己全部的功绩,没有任何特殊和补助。之后便开始了米店和杂货店生意,并在郊区办了农场种菜养鸡。还同人合伙开设了一个当铺。凭借着自己的生意头脑,当时余程万一家人过得还算舒心。
但在1955年8月的一个晚上,余程万的妻子被绑架,在营救妻子的过程中,余程万被打死。之后也有人认为,余程万很有可能就是被蒋介石所害。