总兵告状，几乎被杀
咸丰二年(1852年)，太平军从广西入湘，长沙危急，左宗棠在郭嵩焘等人的劝勉下应湖南巡抚张亮基力邀，到巡抚衙门参赞军事。
左宗棠"昼夜调军食，治文书"、"区画守具"。太平军围攻长沙三月不下，只好撤围下岳州而去。
张亮基因战功升任湖广总督，不久又调至山东，左宗棠均相随。
后来，张亮基遭满人胜保弹劾而罢官。左宗棠返回湘阴继续过着他半耕半读的悠闲日子。
1854年3月，左宗棠应湖南巡抚骆秉章之邀，第二次入佐湖南巡抚幕府，长达6年。
其时，太平军驰骋湘北，长沙周围城池多被占领，而湘东、湘南、湘西广大贫民连连举事，此起彼伏。
左宗棠焦思竭虑，日夜策划，辅佐骆秉章革除弊政，开源节流，稳定货币，大力筹措军械、船只等。骆秉章对他言听计从，"所行文书画诺，概不检校"。
不久，湖南"内清四境"--石达开被逼出湖南；"外援五省"--为在鄂、赣、皖等省前线作战的清军调拨粮饷、军械、船只。
1856年，左宗棠因接济曾国藩部军饷以夺取被太平军所占武昌有功，被封为兵部郎中。
1859年，左宗棠恃才傲物得罪了永州镇总兵樊燮。樊燮一状告到京城，说左宗棠是"劣幕"。
咸丰下令湖广总督官文处理，若属实则将左宗棠就地正法。
朝廷很多官员都为左宗棠说情翰林院侍读学士潘祖荫向咸丰写了一道奏疏，提到:"国家不可一日无湖南，即湖南不可一日无宗棠也。"
咸丰终于心动，赦免了左宗棠。
边平乱边开洋务
1860年，太平军攻破江南大营后，左宗棠奉诏以四品京堂衔候补，随钦差大臣、两江总督曾国藩襄办军务。
同治元年(1862年)，左宗棠组建中法混合军，称"常捷军"，并扩充中英混合军，先后攻陷金华、绍兴等地，升闽浙总督。
1864年3月，左宗棠攻陷杭州，控制浙江全境，被封为一等恪靖伯。
随即，左宗棠奉命率军入江西、福建追击太平军李世贤、汪海洋部，至1866年2月将二人歼灭于广东嘉应州(今广东梅县)。
1866年，左宗棠上疏奏请设局监造轮船，获准试行，即于福州马尾择址办船厂，派员出国购买机器、船槽，并创办求是堂艺局(亦称船政学堂)，培养造船技术和海军人才。
1867年，左宗棠奉命为钦差大臣，督办陕甘军务，率军入陕西围剿西捻军和西北反清回民军。
陕甘任间，左宗棠继续从事洋务，创办兰州制造局(即甘肃制造局)、甘肃织呢总局(即兰州机器织呢局)，后者为中国第一个机器纺织厂。
抬棺出征战沙俄
1864年6月，新疆库车爆发农民起义，建立热西丁政权；7月，和田建立帕夏政权；10月，伊犁建立苏丹政权；1865年1月，浩罕国(位于今乌兹别克斯坦的浩罕市一带)军官阿古柏入侵新疆；3月，乌鲁木齐建立清真王政权；1871年7月，沙俄武装强占伊犁；1872年6月，阿古柏在新疆的喀什、英吉沙、莎车、和田、阿克苏、乌什、库车悬挂出奥斯曼土耳其帝国国旗并发行货币；1874年，日本入侵台湾。
在这种局势下，清廷内部爆发"海防"、"塞防"之争。
李鸿章说:"新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人烟稀少。乾隆年间平定新疆，倾全国之力，徒然收数千里旷地，增加千百万开支，实在得不偿失。依臣看，新疆不复，与肢体之元气无伤，收回伊犁，更是不如不收回为好。"认为两者"力难兼顾"，主张放弃塞防，将"停撤之饷，即匀作海防之饷"。
左宗棠反驳道:"天山南北两路粮产丰富，瓜果累累，牛羊遍野，牧马成群。煤、铁、金、银、玉石藏量极为丰富。所谓千里荒漠，实为聚宝之盆。"他还说:"我朝定鼎燕都，蒙部环卫北方，百数十年无烽燧之警……是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师……若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。而况今之与昔，事势攸殊。俄人拓境日广，由西向东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂。徙薪宜远，曲突宜先，尤不可不豫为绸缪者也。"他认为"若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺"，收复新疆，势在必行。
光绪元年(1875)同年5月，左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务，拥有筹兵、筹饷和指挥全权。左宗棠受任后，立即准备进军新疆。
光绪二年(1876)二月，左宗棠移驻肃州，就近指挥新疆战事，各路大军陆续西行出关。
六月二十一，西征军夜袭黄田，开始收复新疆战役，继而攻克古牧地、乌鲁木齐。九月，西征军收复玛纳斯，北疆平定。次年三月，西征军挥师南下，先后攻克达坂、吐鲁番等城。
光绪三年十二月初二日(1878年1月4日)，西征军肃清和田之敌，取得完全胜利。左宗棠以公由一等恪靖伯晋为二等恪靖侯。
左宗棠随即致力于收复伊犁。
时清廷派崇厚出使俄国谈判归还伊犁事，及《里瓦几亚条约》成，失地丧权，举国震怒。
左宗棠愤然说:"武事不竞之秋，有割地求和者矣；兹一矢未闻加遗，乃遽议捐弃要地，餍其所欲，譬犹投犬以骨，骨尽而噬仍不止。目前之患既然，异日之忧何极？此可为叹息痛恨者矣！"审时度势，他认为只靠外交必不能收回伊犁，应"先之口舌，继以兵戎，事无不济"。
于是，在曾纪泽赴俄重开谈判时，左宗棠在新疆备战。
光绪六年(1880年)春，左宗棠定出三路进兵伊犁之策。
同年四月十八，左宗棠携棺木出关西征，以示与沙俄决一死战。
甫抵哈密，左宗棠忽获廷旨，谕其立即回京，"以备朝廷顾问"。左宗棠保荐刘锦棠继任督办新疆军务。
次年正月，曾纪泽谈判后，签署《中俄改订条约》(即《中俄伊犁条约》)，中国收回了伊犁和特克斯河上游两岸领土。
左宗棠在新疆注意兴修水利、筑路、屯田、植树等等，建议以新疆建省，意义深远。
收复新疆后，左宗棠曾专门到福建林则徐祠拜谒，在林公像前默默悼念。
他写了幅对联:"三吴颂遗爱，鲸浪初平，治水行盐，如公皆不朽；卅载接音尘，鸿泥偶踏，湘间邗上，今我复重来。"
壮志未酬身先死
1881年夏，左宗棠调任两江总督兼南洋通商大臣。
1884年6月，左宗棠奉召入京，再任军机大臣。时值中法战争，法国舰队在福州马尾发动突然袭击，福建水师全军覆灭，左宗棠奉命督办福建军务。
光绪十一年(1885年)7月27日清晨，74岁的左宗棠停止了最后的呼吸。这个拥有"二等恪靖侯、东阁大学士、太子太保、一等轻骑都尉、赏穿黄马褂、两江总督、南洋通商事务大臣"等七个头衔,风光了半生的男人终于退出了历史舞台。
接到丧折后，慈禧太后下诏谕追赠左宗棠为太傅，恩谥"文襄"，赏治丧银三千两。
就在慈禧太后下达诏谕后的一个夜晚，福州暴雨倾盆，忽听一声劈雷，东南角城墙顿时被撕裂一个几丈宽的大口子。
老百姓说，左宗棠死了，此乃天意，要毁我长城。(中新网11月27日电/冯伟林)
评价:
正面:认为左宗棠之功远高其过，胡林翼曾极力称赞说左氏横览九州，才智超群，必成大器。在1870年代、1880年代力排李鸿章等海防派重臣之议，抬棺西行，收复新疆。曾国藩曾评价其说"论兵战，吾不如左宗棠；为国尽忠，亦以季高为冠。国幸有左宗棠也。"左氏是湘军骨干，汉之民族英雄，亦为清廷认为是国家栋梁，谥号"文襄"，取其襄赞国家之举。
负面:曾经在镇压回汉互相屠杀的同治陕甘回变时，带领湘军对回民进行报复性屠杀，回民颇苦之。故左宗棠在回族人中评价极差，称之"左屠夫"--捻军与董志塬的陕西回民军重返关中，引发甘肃回民的起义。1866年9月清廷任命左宗棠为陕西总督，进入陕甘镇压回民。左宗棠心狠手辣，有"左屠夫，左剃头"之称，认为"回民好乱"，"性与人殊"，必须"痛于剿洗"，于是利用卖国商人胡光镛向洋人借来高息贷款和大量的洋枪洋炮，率12万之众赴西北围剿，进行种族屠杀。陕西回民"十不存一"，绝大多数都死与战乱，除了西安城内被禁锢起来的上千回民外，有些回民躲进了秦岭深山和边远地区，有些回民被迫反教，艰难存活下来的上万人后来被清廷"安插"在了西北贫瘠荒蛮之地。对于这场空前的大屠杀，以至于连左宗棠也不得不承认"以陕西人数计之……其死于兵疾疫饥饿者盖十之九，实回民千数百年来末有之浩劫。"直到1878年初，所剩的两千陕甘回民被迫进入俄境，成为今天中亚的东干族。陕西回民起义历时16年之久，这是清政府镇压太平天国革命之后，规模最大的军事行动，使西北近百万回民死在了屠刀之下，使陕西全境几乎没有回族人生存。
王震对左宗棠的看法
左景伊先生在1983年写的一篇文章:《左宗棠的爱国主义精神在历史上闪光--记王震同志谈左宗棠》。
左景伊系左宗棠曾孙，1983年8月王震将其邀至自己家中，从晚9点到近12点，详细谈了对左宗棠的评价。谈话中，王震与左景伊共阅解放前出版的《左文襄公在西北》。临别时，王震还将自己珍藏的盖有本人印章，签名和红笔批语的《左宗棠年谱》送给左景伊作纪念。可见王震对左宗棠的评价是在深入研究的前提下做出的。现将王震对左宗棠的评价摘录如下:
"史学界最近作了一件有意义的工作，对左宗棠做出了正确，客观的评价。这对海内外影响都很大。左宗棠在帝国主义瓜分中国的历史情况下，立排投降派的非议，毅然率部西征，收复新疆，符合中华民族的长远利益，是爱国主义的表现，左公的爱国主义精神，是值得我们后人发扬的。"
"解放初，我进军新疆的路线，就是当年左公西征走过的路线。在那条路上，我还看到当年种的'左公柳'。走那条路非常艰苦，可以想象，左公走那条路就更艰苦了。左宗棠西征是有功的，否则，祖国西北大好河山很难设想。"
"阿古柏是从新疆外部打进来的，其实他是沙俄、英帝的走狗，左公带兵出关，消灭阿古柏、白彦虎，收复失地，得到了新疆各族人民的支持，这是抗御外侮，是值得赞扬的。"
"办洋务的人也有所不同，有些是爱国的，有些是卖国的。像曾国藩、李鸿章，就不能和左宗棠相提并论。曾国藩、李鸿章是丧权辱国的，左公在福建办船政局，在甘肃办织呢厂，在新疆的屯田，客观上还是有利于国计民生的。我们是历史唯物主义者，对历史人物要一分为二，左宗棠一生有功有过，收复新疆的功劳不可泯灭。"
