许多军事史著作都认为，杨秀清是打算让秦日纲部从江浦、浦口渡江凯旋，但仔细推敲就可以发现，并非如此。
江浦、浦口占领后，秦日纲部和天京援军已经汇合，从16日占浦口，到22日失守，中间长达6天时间，足够全军渡江至下关回京，但秦日纲部却安安稳稳地呆在原地不动，说他们想从浦口回京于理不合，说他们后来因渡江路线被切断而被迫东返，则更说不通。
让我们看看此时清方做了些什么。
4月6-10日，清军江南大营主力张国梁部，江苏省兵主力吉尔杭阿部一直在忙着和留守仓头等地的周胜坤部作战，最终周胜坤战死，余部由哥哥周胜富率领撤入镇江城，和吴如孝汇合；16日，得知江北大营失利、浦口失陷，江南大营主将向荣在咸丰的催促下，又急忙将张国梁部抽调渡江，这支江南大营主力果然不含糊，在4月22日和27日先后收复了浦口、江浦。
尽管看上去势头不错，但原本合在一处的张国梁、吉尔杭阿两部已经被拆散，最精锐的张部也疲于奔命，而秦日纲部却获得了宝贵的10天休整。不仅如此，4月8日，也就是秦日纲部占领扬州后第三天，江西太平军石达开部约3万人分三路进入皖南，开始向天京外围靠拢，并直接威胁江南大营的后方基地宁国。这一举措不但进一步分散和疲敝了清军(张国梁部就因为宁国告急，而不得不在收复江浦当天匆匆渡江增援)，也让太平军在天京-镇江主战场上的兵力更加集中。很明显，这又是一个深思熟虑的大战役规划，其最终战役目标，就是从广西一路追到天京的清军主力--江南大营向荣部，而能下如此一盘大棋的没有别人，只能是主宰太平天国军政大权的杨秀清。
4月底，秦日纲部开始向东进军，在没有太多阻力的情况下却兜兜转转，直到5月27日才从瓜洲渡江，返回镇江城外的金山，而在此期间，石达开部连克太平府、宁国府，进军天京城南的重要据点秣陵关，这就缠住了江南大营最精锐的张国梁部，孝陵卫的向荣本部固然空虚，镇江外围的吉尔杭阿部，则更成了一支孤军。
6月1日，秦日纲、吴如孝部猛攻困守高资烟墩山的吉尔杭阿部，经过连日会战，先后击破吉尔杭阿、虎嵩林、余万清等部，杀死八旗副都统绷阔、江宁知府刘存厚，迫使吉尔杭阿自杀，几乎全歼了这支曾消灭小刀会的清军人马，于6月13日回到天京近郊。
秦日纲等人或许并不知道杨秀清全盘计划，他们认为救援镇江的任务已超额完成，转战4个多月的人马早已疲惫不堪，理应回天京休整。没想到他们接到的是杨秀清劈头盖脸的一道严令：攻破江南大营，否则不许回城。
这时天京城外的重镇溧水已被石达开攻克，天京城里的太平军也已经出城扎营，原本包围天京的江南大营，此刻反成为太平军反包围中的一步死棋，杨秀清显然已经胸有成竹--到了击溃江南大营的时候了。
6月20日，秦日纲、石达开和天京太平军分4路猛攻江南大营，仅一昼夜就将向荣全军击败，次日向荣被迫放弃孝陵卫等地营盘和要地句容，退守丹阳。杨秀清随即派秦日纲等追击向荣，同时让石达开回援武昌，北王韦昌辉等进军江西，8月9日，向荣在丹阳城中气愤忧闷而死，太平天国达到国势、军势的顶峰。
此时清廷一片恐慌，咸丰前脚因江南大营战败，发出将向荣撤职查办的诏谕，后脚又因向荣"以身殉职"，赶紧发出开复处分、从优议恤，并手忙脚乱地拆东墙补西墙、惟恐太平军乘胜奄下东南。上海、香港的外国人则纷纷预言，中国内战胜负已分，太平军将很快夺取江浙，并随即再次北上，清廷的崩溃只是时间问题。
然而战略平衡似乎再度被打破--这次同样是因为杨秀清。
天京事变：战略平衡的逆转
就在连清方都认为，太平军将轻松攻下江浙，席卷长江中下游之际，8月底，在丹阳、金坛受到小挫的太平军竟放弃攻势，江西、湖北战场上的各路太平军也纷纷去向不明。
这是为什么？
有个叫做强汝询的金坛文人，在自己所撰写的《金坛见闻记》中，声称是金坛人殊死作战，击毙了秦日纲，才导致本已逆转的战略格局被颠覆过来。不过这位强汝询不仅在1856年仅是个幼儿，且根本不在金坛城内，这部成书于十几年后的著作，主旨是吹捧所谓"金坛官绅"，向清廷索讨"政治待遇"，如今人们都已知道，太平军在丹阳只是小挫，在金坛则更连小挫都算不上，秦日纲也根本没有战死在金坛。
真相只有一个：杨秀清死了，死于1856年9月2日的天京事变。
关于天京事变，各方的记载出入很大：
《金陵省难纪略》、《金陵续记》等都说杨秀清飞扬跋扈，使得忍无可忍的洪秀全密令韦昌辉、石达开、秦日纲等人设法除掉杨秀清，这些记载和李秀成的供词都认为，杨秀清逼洪秀全封自己"万岁"，惹来杀身之祸，但和其他几位不同，当时在句容、金坛前线的李秀成坚持认为，洪秀全本人没参与密谋，是石达开、韦昌辉、秦日纲三人"大齐一心"合计的结果；被一些人认为参与了杀杨密议，但事发时远在湖北的石达开则称，杨秀清性情高傲，洪秀全为激怒韦昌辉等人动手，故意加封杨秀清万岁，结果韦昌辉等人果然发作，把杨秀清杀了。
各家记载都说有"封万岁"的事，只是有杨秀清逼封、洪秀全故意加封两个版本；密议杀杨的版本则更多，有认为系洪秀全主使，韦昌辉、石达开、秦日纲参与的，也有认为洪秀全或石达开未直接参与的，记载者既有当时人(如涤浮道人)也有被认为相当严谨的后来人(如李滨)，既有太平军方面的人，也有根据目击者口述写作的外国人(如根据爱尔兰雇佣兵肯能口述而写成并流传至今的3篇报道)，但事实真相究竟如何？
杨秀清"性情高傲"显然是毫无疑问的，他有强烈的权力欲，对洪秀全百般压制，也是无争议的事实，但他是否逼封过"万岁"，目前的说法，其实都来自一个信息源--洪秀全。
唯一记载"逼封"日期的是李滨《中兴别记》，称8月22日逼封，9月23日(太平天国丙辰六年八月十七日)杨秀清生日当天正式加封，但李滨自己的记载称，他在同治六年(1867年)才十三岁(其实应该是实岁12)，《中兴别记》出版于清朝灭亡前一年的1910年，天京事变发生时，这个土生土长的南京人只有两岁或三岁，很显然，他的记载不能作为一手资料。而其它记载者都直接或间接来自杨秀清死后、洪秀全方面的说辞，只能说，杨秀清是否封万岁，是主动逼封还是洪秀全故意加封，仍然是个未解的谜团。
是否有密议，洪秀全是否参与密议，有不同意见的是李秀成和石达开，但从韦昌辉、秦日纲几乎同时秘密回京，朝臣领袖陈承镕亲自接应，以及"无所不知、无所不能"的杨秀清竟然毫无防备等事实可以断定，洪秀全正是杀死杨秀清的主谋，没有他的调度，这些人就算有杀杨的胆子，也不敢互相串联，同时动作，更不可能如此成功地瞒天过海，在杨秀清眼皮底下磨好屠刀。
李秀成并没随秦日纲回天京，事发整个过程都不在场，他的说法显然是洪秀全的官方版本，没有洪秀全这个主谋毫不足奇；石达开否认存在密议，则有两个可能，要么他事先被排除在密议之外，要么他为了撇清自己，索性连密议也矢口否认了。顺便提一句，《天父圣旨》这部"杨秀清语录"最后一条，纪录于丙辰六年七月初九，即杨秀清被杀前18天，说"秦日纲帮妖，陈承镕帮妖，放煷(火)烧朕城了矣，未有救矣"，被发现后曾为许多人认真解读，或以为可以借此判断事件责任人，或认为是杨秀清打击、迫害秦、陈的证据，但必须看到，这部"语录"是事变发生多年后，已为杨秀清平反、急欲掩盖此事的洪秀全亲自主持出版，这句"天话"与其说是杨秀清说的，毋宁说是"洪秀全希望杨秀清说的"，意在撇清天王自己而已。
如此一梳理，天京事变的脉络就很清楚了：被攘夺了权力的洪秀全对动辄借"天父下凡"威胁自己地位的杨秀清忍无可忍，表面继续推崇，暗中却与韦昌辉、秦日纲、陈承镕(可能还有石达开)等朝中大员密议，趁太平天国刚获得空前大捷、杨秀清志得意满放松警惕之际，利用陈承镕掌握城门钥匙的便利，悄悄将韦昌辉、秦日纲等人及其心腹亲兵召回天京，用突袭的手段杀死杨秀清全家和许多亲信。
《金陵续记》称，是韦昌辉亲自指挥了突袭东王府的行动，当场被杀者包括东王父子、家丁27口、"伪王娘54口"以及"掳禁服侍被奸有孕"的其他侍女，随后的记载虽然众说纷纭，一些绘声绘色的描写，如"苦肉计"、"鸿门宴"和东殿-北殿内战等，都未必属实，但太平天国骨干、重臣成批死于此役是确信无疑的，可以确认在事件中被杀的，包括补天侯李俊良、助天侯刘绍廷、翊天侯吉成子、扶天侯傅学贤、东殿吏部二尚书侯谦芳，可能死于此役的，还有前镇国侯卢贤拔等多人，《金陵省难纪略》称整个天京事变为韦昌辉等杀死的太平天国骨干超过两万，可能夸大，比如当时因杨秀清过于托大，派到各地带兵的杨姓国宗，有记载被杀的，仅有安庆的一例(主使者是洪秀全的近亲张潮爵)，而《金陵续记》称，有大批东殿出征将官被调回处死，但从史料中可知，不但东殿承宣黄文金、胡鼎文等关系较疏远的东殿部属安然无恙，和杨秀清关系密切的李寿晖、李寿春兄弟，甚至"民愤很大"的林锡保，都同样幸免于难，然而在京的大批东殿属官、朝臣及其家属遇害，随即韦昌辉杀死石达开全家、洪秀全重施故技暗算韦昌辉、在石达开"靖难"压力下处死秦日纲和陈承镕等一系列后续事件接连发生。
可以说，1856年是杨秀清个人生涯的顶峰，也是他生命的终点。由于太平天国的成败，过多系于他一人身上，因此这个"苦力王国家"才在短短8个多月里，先因杨秀清之兴而趋于极盛，再因杨秀清之亡而陷入危局。尽管在诸多因素作用下，太平天国的国祚又延续了8年之久，但它和清廷的生死存亡之争，天平已然决定性地偏向后者一边，且再也没有矫正的机会。
