中国不按常理出牌，绕开外交机构搞外交的行为，始终让小田切费解，也使日本政府一头雾水，不敢贸然与中国亲近。
会谈结束后，第二天一大早，杨崇伊和庆亲王分别到宫内谒见了慈禧太后与皇帝，汇报了会谈情况。
有了庆王的汇报，慈禧连连首肯。于是，紫禁城的最高决策人物统一了认识，即先不提在日本抓捕康、梁一事，当务之急是利用小田切提供的机会，与日本皇室搞好关系。有日本出面支持，清廷在国际上的孤立处境会好得多。下朝后，杨崇伊又跑到锡拉胡同，申明两宫非常希望能与天皇陛下时常通信。对外界无知的清廷保守派，以他们想当然的思维，积极地搞着秘密外交。
5月23日，庆亲王从总理衙门找到一些可靠之人，设计好了与日本皇室直通密电所要使用的密电码。第二天，庆王还拿到了由刘学询携带的国书。
5月25日，庆亲王召来内务府大臣，让他到紫禁城里存放古董珍宝的专库中，物色两份厚重礼物，一份是为皇太后准备的，送天皇内宫的女主人，而另一份则是为光绪帝准备，专门送给天皇本人。庆亲王告诉内务府大臣说，此事关系重大，礼品无论如何要拿得出手，而且要很快备齐。后来，这些礼物起了不大不小的波澜。
6月8日，小田切得到外务省有关"欣然迎接"两密使赴日的指示。于是，他觉得大功告成，准备迅速离开锡拉胡同这个是非之地。
然而，就在他离开北京的前一天夜晚，刘学询突然领着杨崇伊，说是代表两宫及庆亲王，专来此地给他送行的，并随手递上一张礼物清单。还没等小田切反应过来，杨崇伊又命佣人把一堆宫中珍品搬进屋子。小田切简直惊呆了，他没有想到慈禧与奕劻会对他如此厚爱。
据日本外务省档案记载，这些礼物包括光绪皇帝颁赠他的二等宝星勋章一件；皇太后所赠送的贵重礼物四种：
脂汉玉太平有象一件、宋细瓷碗一件、宋均窑瓷樽一件、古铜双环壶一件。
庆亲王所赠送的礼物，比起太后来更为珍贵，其中包括：四方倩偷桃寿山一件、周代汇鼎一尊、周代立为旅簋一尊、龙泉窑葵花瓷瓶一件
在小田切的日记里，记录下他当时的兴奋心情："皓月当空，繁星闪烁。锡拉胡同周围微风吹拂，万籁俱寂。我躺在床上，辗转反侧，难以成眠。我兴奋激动，思绪如潮，想起从去年在上海开始接触刘学询、庆宽，到后来又亲赴京师，与庆亲王面谈。作为一个小小的领事，能导演这么一出中日亲交的大戏，获得如此多的荣誉，这真是个奇迹"。
正是在庆亲王的劝说下，慈禧定下了赴日刺杀康有为、梁启超的决策。图为清廷派出的杀手下榻的东京都帝国饭店。
经过一番紧锣密鼓的策划，刘学询与庆宽等人终于开始了他们的日本之行。他们踪迹诡秘，行色匆匆，而小田切万寿之助，既是该团队的向导与陪同，又是顾问与监督，已提前回到日本进行安排。
陪同清国密使访日的人，有一个叫宇都宫太郎的人。此人曾于1897年冬赴武汉拜见张之洞，劝张氏走与日本联合之路，此后，宇都宫作为日本军方代表，长期在华活动。当时张之洞极力主张联合日本，但是慈禧太后一直不同意。这一次，却是得来全不费功夫。
经过两天两夜的颠簸，清国秘使来到长崎港。日本档案显示，长崎当地的官员非但没有发自内心的欢迎，反而对刘氏一行充满警惕，他们把中国人的举动，随时汇报给外务省。
刘学询一行下榻在帝国饭店，帝国饭店是东京最豪华的酒店，日本外务省为刘学询一行的到来，作了充分准备。客房宽敞明亮，各项设备一应俱全，服务生个个彬彬有礼，这一切，给刘学询留下很好的印象。
经过两三天休息之后，由驻日公使李盛铎陪同，两密使首先会见了外务大臣青木周藏，7月19日又专程拜访了伊藤博文侯爵，接着又会见了山县有朋总理等日本政界要人。随之而来的是接连不断的宴会，其中有7月22日外务省在芝红叶馆举办的盛大晚席，27日的商界公宴，28日山县有朋总理的家宴。
当然，最大的正事是觐见天皇。不过，在刘氏1899年7月23 日的日记里，他只是简略地介绍了与天皇见面的过场，对于实质性的内容，丝毫没有涉及。上千年来，这一中日之间最高级别的会见，竟然在中国鲜为人知，在档案中也未有记载。好在日本外务省的档案，记录着所有的细节。
我略去嗦寒暄的部分，就说这次觐见的最高潮，是刘学询与庆宽呈上中国帝后送给天皇天后的礼物。这些礼物共有大小十二件，分装在十一个匣子中，包装精致，美轮美奂。当礼物打开之际，满庭生辉，体现出中国皇室宝库的丰富。慈禧赠送的礼物有：
宋定窑笔筒一件、古玉琮一件、宋汝窑碗、宋龙泉窑莲花瓷洗一件、宋釉瓷三足洗一件。
这些来自北京紫禁城的奇珍，真可谓琳琅满目，光彩照人。它们凝结了慈禧、奕劻一伙的良苦用心，堪称一份厚礼。明治天皇自然十分欣喜。
天皇收下了礼物和国书、密电码册，答辞虽然十分客气，但是对于要求密电交往一事，未有丝毫涉及，只是对刘学询和庆宽说："若有所询问，问外务大臣可也"。依照中国传统的观点，见到一把手以后，一切事情就应该可以搞定了，刘学询与庆宽这种保守派，对外国的君主立宪制一无所知，所以他们离开皇宫后，怅然若失，总觉得所奉使命尚未完成。
中国密使到达东京后的第一天，就被日本警视厅列为昼夜监控的目标。无论是外出公干，还是在旅舍的行动，都被侦探搞得一清二楚。他们所收到的公私函电，会见访客的时间地点，一一都分条罗列，逐日向宫内相、外务相、法务相及首相汇报。甚至连刘学询所召妓女阿菊，警察也要叫去盘问相会的细节。而对警视厅所作的一切，刘学询与庆宽等人却是毫不在意，依然我行我素。
可是，刘学询与庆宽有一点是非常清楚的，在日本这个法制社会里，要暗杀维新派，的确比登天还难，他们在东京四处打听，毫无线索。无所事事了一个月后，1899年8月29日，中国密使突然收到了天皇的上谕，文中尽是客套，还附加了一份"不腆微仪"的清单。正是这份礼物耐人寻味：刺绣四扇屏风成件、御章七宝花瓶一对、织成麒麟花样条幅一对。
与中国赠给日本的礼物相比，这份礼物实在是太微不足道了。而且，孔祥吉从中国档案中发现，自近代以来，每逢节庆，中日两国皇室均会互赠礼物，从存档目录来看，这批礼物，是日本皇室所赠送最为菲薄的礼品。礼物的廉价，实际上是一种外交上的委婉拒绝。而且，在天皇的上谕中，对于清廷提出的用密电联络一事，并无一字提及。
前面说过，是日本最初倡议中日联盟，为何中国有了回应日本却缩了回去呢？
孔祥吉认为，慈禧与奕劻等清廷决策人物，缺乏近代基本外交常识。他们思考问题的方式，大多还停留在古老的中世纪。他们以为中国与日本的关系，也类似于中国春秋时代诸国争霸的局面，只要派人携带布帛财宝，互通款诚，便可在政治上结为盟国。
正因为慈禧的皇室外交，与现代国家利益至上的外交格格不入，因此，日本很担心与慈禧太后这样的倒行逆施、思想糊涂的人结盟会惹起什么麻烦。确实，就在刘学询还未归国时，俄国公使格尔斯就向总理衙门提出警告，说中日结盟会伤害俄国感情。这令日本不能不小心从事--当时，日本军队实力逊于俄国，日英同盟还未建立，日本并不想过早得罪俄国。
一场秘密的结盟外交就此不了了之，但是，它在一定程度上缓和了中日两国因甲午战争而产生的面子裂痕。
