陈天华之死
对于中国学生的发难，日本社会基本显得十分惊愕与不解，《朝日新闻》甚至对此进行了嘲讽，认为这一事件的原因，一是"清国学生过于狭义解释令文"，二是"清国人特有之放纵卑劣意志"，展现了"其团结亦为薄弱"。
对于学生们的误解，日本政府在12月8日做出了积极回应，解释说这一规则"原为监督此等学校起见，并非羁束清国学生"，并对第九十两条作出了详细说明，特别明确了"性行不良"一词专指"紊品行，害秩序，触刑律"等。
就在这一天，湖南籍的留学生陈天华投海自杀，时年30周岁，与秋瑾同年。这一事件，令日本政府的努力顿时化为乌有，事件被再度激化。
陈天华的自杀，被激进派当作激励斗争的工具，认为陈的自杀是为了"勉励同人，非进到取消取缔规则目的，决勿留东"。
但是，温和派却宣称，陈天华的悲愤，并非针对日本政府的《规则》，而是针对中国留学生的盲目罢课退学及其导致的中国人在日本形象受损。
亲历者张篁溪回忆说："陈天华投海身殉，留日同人，莫不震悼。联合会人谓：天华为《规程》而死，后死者应继承遗志，再接再厉，百折不回。其不附和联合会者则曰：天华最初即为不赞成停课之人，且有'停课问题，可了则了'之言，后死者应适可而止，毋负其嘱。两说各以陈天华之死，为其主张之理由，彼此辩论，互不相下。"
张篁溪的记载是公允的。尽管当时的激进派和后来的主流史家，都竭力将陈天华描绘为对日本取缔的抗争，但陈天华在他的《绝命书》中，明确表达了对非理性抗争的失望："鄙人死后，取缔规则问题，可了则了，切勿固执，惟须亟讲善后之策，力求振作之方，雪日本报章所言，举行救国之实，则鄙人虽死之日，犹生之年矣。"陈天华还说："近来青年误解自由，以不服从规则，违抗尊长为能，以爱国自饰，而先牺牲一切私德，此之结果，不可言想。"他解释说，自己自杀的目的，是希望同学们"皆以爱国为念，刻苦向学，坚忍奉公，力学爱国……恐同胞之不见听而或忘之，故以身投海，为诸君之纪念"。显然，对于日本报纸对中国留学生的负面评价，陈天华是认可的，并且因此而深以为耻，希望自己的死能唤醒同学们的理性，讲求实效，力戒空谈误国。
然而，派系之争已经演变为意气之争，真相变得十分虚弱。
日本政府的解释与陈天华的自杀，发生在同一天，处身夹缝当中的杨度知道日本政府和"联合会"都不会退让，他这个"总会"总干事根本难以了断残局，于是，干脆将公使馆赚来的文件退回，自己则立即动身前往横滨，避开风头。
当晚，"联合会"开会，决议全体归国，但遭到一些温和派的抵制。胡汉民、汪精卫等人在当晚组织了"留学生维持会"(以下简称"维持会")。至此，留日学生中并存三大组织，官方认可的"总会"，及学生自发组成的"联合会"与"维持会"，后两者针锋相对。
"维持会"认为，这次的事件完全是因误解而起，日本政府的法令无可厚非，"吾辈安能斥其非理"，何况"吾人以何理由而欲反抗所在国之法律"，而且日本政府已经对引起歧义的部分，做了说明，这一《规则》"对于留学同人，实已有益无损"，因此而闹事，纯粹是"认错题目"了，中国学生必须"维持秩序"。这一维持会的支持者和捐款者中，有一个秋瑾的绍兴同乡、24岁的周树人，日后大名鼎鼎的鲁迅。
维持会的成立，激怒了联合会，他们"集合数十人，追踪而至，拥入质问，维持会人自知不敌，相率引避" 。
"联合会"见无法统一思想，只能再度诉诸暴力。12月10日，"联合会"再度召集大会，会场上悬挂的一些标语杀气腾腾："全体回国，勿受其辱！俯首忍诟，磔杀不贷！""联合会"要求赞同退学回国的，宣誓画押，凡拒绝者，都把名字写在板壁上，斥为"甘作日本顺民"，并大书四字："与众共弃"。
会上，有人建议组织"敢死队"，声言："如不回国，众必杀之"。"敢死队"迅速组成，将武器藏在外套下，在各校巡逻，"遇有拒绝回国之表示，或仍追逐逸乐之行动者，辄加干涉，毫不宽贷"，流血事件时有发生。
在"联合会"的督促下，留学生中的各个同乡会纷纷开会表态。秋瑾在浙江同乡会上再度发威，"袖出短刃，掷案示众，并指名若干之意见不同者，当场宣告死刑"，在这些被她宣判死刑的人里头，就有鲁迅。
在激进派的鼓动和威胁下，大多数留学生根本不敢参加日本政府与中国公使馆主办的沟通活动，退学回国潮开始汹涌，到12月15日离日人数已达2000人，"运送行李之车，仍复络绎不绝"。
"联合会"主力基本回国，"维持会"的入会人数便急剧上升到了2000多人，留学生中的力量平衡发生了微妙的变化。不久，两"会"开始频频接触，并最终达成了共识。在各方的努力之下，日本政府最终宣布暂缓执行《规则》，随即，中国留学生们宣布复课，"联合会"及"维持会"先后解散。
对于这场风波，梁启超认为："今次之决裂，其原因决非徒在此规则问题也。盖蓄愤甚久，而借此一泄也。"
但是，梁启超却有意无意地回避了一个问题，那就是在这场运动中，充分暴露出来的不择手段的倾向。这种倾向，具有消解一切理性的强大腐蚀力，将对大清国即将展开的政改、乃至一切改革，造成极大的困扰……
