罢课争议
《关于清国人入学之公私立学校之规则》公布之后，应中国驻日使馆的要求，"留日学生总会"(以下简称"总会")在总干事杨度的主持下，开会讨论。但因到会人数太少，极度延宕，最后于11月21日进行了逐条研究。"总会"是个被中国官方认可的留学生自治机构。
"总会"认为，《规则》中的第九、十两条不妥，是对中国学生的侮辱和歧视。于是，"总会"在11月28日向公使馆提交了报告，要求对日本政府交涉。公使杨枢随即向日本外务省递交了照会，请外务省咨会文部省研究。按惯例，日本政府将在2周后正式答复。
但是，学生们等不及了，而且在等待的过程中，针对公使杨枢及"总会"总干事杨度的不利传言，开始流传，两人收到了不少充满敌意的来信。
11月30日，弘文学院、经济学堂、早稻田大学、清国留学生部、大成学校、成城学校、东斌学校、东业实业学校等8所学校的留学生代表，开会商讨对策。
12月4日，弘文学院中国留学生首先停课，表示抗议。
12月5日，300名中国留学生聚会于"富士见楼"，认为《规则》有辱中国国体，要求日本政府废止，同时决议集体罢课，退学回国。
留学生程家柽发表《反对清国留学生取缔规则之理由》，刊于东京《朝日新闻》，倡议罢课退学，文词相当激昂："既深恶祖国专制，志于推翻，又何苦郁郁受异国专制压迫？"
6日起，这群学生发起成立"各校联合会"("联合会")，以便敦促全体同学参与罢课。这是留日学生的第二个大组织。
"联合会"制订了《学生自治规则》《纠察学生自治规约》等，甚至组织了"纠察队"，配备短刀或手枪，对不参与罢课退学的同学进行武力威胁，双方发生了不少冲突。"纠察队"宣称："如不回国，众必杀之"。继续上课听课的，一律以"汉奸"治之。早稻田大学共有10个班级的中国学生，各班派代表投票，4票同意罢课，6票反对，但罢课者随即封堵教室，导致了全体学生"被"罢课。
主张理性应对的留日学生会总干事杨度和中国公使杨枢，则收到了死亡威胁，据亲历者张篁溪回忆："遂有匿名投书于使馆者，或称将置公使于死地，或云将剪公使发辫以示儆"，甚至有传单宣称"二杨之罪，不容于死"。
罢课以及"被"罢课的规模很快就扩大到了17所学校8000余人，几乎囊括了在日的所有中国留学生。
杀声四起
"激进派"的骨干，多是同盟会的成员，宋教仁、胡瑛等革命党人都大力鼓吹退学归国，顺势将革命的火种带回国内去。胡瑛选为学生联合会会长。革命党人秋瑾，也是激进派。不少没加入"组织"、或对政治不感兴趣的学生，在"纠察队"的武力威胁下，只能沉默，但是，同盟会内部的不同声音却难以遏制。胡汉民、汪精卫就认为，不应盲目回国，即便是为了革命也要坚守在日本，先办好《民报》这样的舆论阵地。胡汉民指出："退学归国是下策，且本党新成立党机关报，始发刊第二期，若一哄回国，无异为根本动摇，使仇外者快意，至谓相率归国即行革命，尤属幼稚之见。"正在欧洲旅行的孙中山，也致电汪精卫，反对退学回国，以免革命势力被政府一网打尽。
同盟会的分裂迅速公开化，秋瑾在公开场合甚至要求判处胡汉民、汪精卫死刑，汪精卫则在之前的学生大会演讲时，就被"联合会"的人砸场，那群人没等汪精卫把话说完就高喊，"打、打之声四隅并起，而拍桌者、顿足者，复参杂其间"。
据亲历者张篁溪回忆，秋瑾发威是在6日的学生联合会会议上，当大家决议"全体退学归国，义无反顾"后，主持人胡瑛问："有不归国者，奈何？"这时，秋瑾大声说："胆小怕事之流，应置之死，毋留害群之马！"大家于是高喊："杀之可矣！""于是，杀、杀之声大起，复有人高呼：'勿为已甚，稍留地步，如何？'秋瑾闻之怒甚，由衣裳中出一小刀，掷置案上，曰：'首鼠两端者，请视此！'"于是，"各缄默无言，而力争取消全部《规程》(即日本政府的《规则》)之决议，乃得顺利通过。"
这一年，秋瑾正好30周岁，汪精卫22周岁，胡汉民26周岁。此时的同盟会，以孙中山为代表的原兴中会派系(广东人为主)，与黄兴为首的原华兴会系(湖南、湖北人为主)、陶成章为首的原光复会系(江苏、浙江人为主)，内部纷争不断。围绕日本"取缔规则"发生的分歧，背后未必没有门户之争。
吊诡的是，尽管罢课、退学闹得纷纷扬扬，激进派慷慨激昂，却居然没人认真细读日本政府发布的《规则》，根据湖北公费留学生、同盟会会员黄尊三的日记记载，当大家开会讨论是否先把情况搞清楚时，"众以为不必调查，即日停课，多数举手，一哄而散"。
其实，日本政府文件，并没有针对中国学生的任何歧视，包括最引起不满的第九、十两条，对日本本土学生也是常态的管理方式。第九条要求对在外住宿的中国学生"须受校外之取缔"，这个"取缔"一词的语意并非汉语的"取缔"，留日学生景梅九解释说："这'取缔'本是日本名词，在中国可以译作'约束'或'禁管'"，也就是要对在外住宿的学生加强管理的意思；第十条的"性行不良"，也是日本教育规章中的常见词，有基本的定义范围，并非专用于中国学生，更非可以任意解释的词汇。但是，"当时之速成生多不通日文，误会日本政府取缔中国留学生，愤其无礼"，再加上很多人根本就不愿意找出日本政府的《规则》原文看看，想当然地将其当作此前谣传的"取缔"，于是这一切都被误读成了歧视和侵犯中国学生的人生自由。
