贝家花园与平西抗日根据地相接，日本兵不敢轻易对法国人进行搜查，因此贝大夫受朋友的委托，承担起秘密运送平西根据地所需药品的任务。贝熙业在城内和西山的两处宅第成为平西与北平城的秘密交通联络站。在很长一段时间内，贝熙业所做的这些事情都不为人所知。只有在史料中有零星记载。
《北平人民八年抗战》一书有这样的记述：帮助地下党黄浩经北平西山运药的，还有一位法国朋友贝熙业大夫，五十多岁(年龄有误，1940年贝大夫已近70岁)的贝大夫骑自行车运药，载重几十斤，从城里到妙峰山下，行程数十里。后来他买了雪铁龙小汽车，开始用自己的小汽车运药。贝熙业甚至亲自秘密为八路军做过手术。
贝熙业与吴似丹的结婚照。
突然成为"不受中国欢迎的人"
抗战胜利，国共交恶。1948年底，通往西山的路被切断，东交民巷的外交使团人心惶惶。法国大使馆要求在华法国人撤走。
而此时，贝熙业已经把自己当成了一个真正的中国人。他能说一口流利的中文。春秋他身着长袍大衫，夏天则麻衫布鞋，手摇蒲扇，已经完全是一个地道的老北京。他离不开北京，甚至和老友铎尔孟在西山买了一块墓地，打算终老于此。
贝熙业没有离开中国的另一个原因是基于自己的判断，虽然局势动荡，但贝熙业对新的政权充满信心。共产党的多位领导人，如周恩来、邓小平、陈毅等人，当年都参与赴法勤工俭学，贝熙业曾为他们进行行前的体检，算得上故交。
他在给亲友的信中写道，"这里缺医少药，我的病人都离不开我，我的职责让我继续留在这里。"而此时，贝熙业也迎来了人生中的第二次春天。经过将近十年的接触和交往，1952年，80岁的贝熙业和28岁的中国姑娘吴似丹登记结婚。
然而形势并没有他想象的美好。到了50年代，法国继续承认中华民国，留在北京的法国大使馆已失去了外交地位，贝熙业也失去了教授和校医职务，只能成为一个私人诊所的医生。不少熟人和朋友依然找他看病，北安河一带的村民有了病也照旧来西山贝家花园。
坏消息接踵而来。建国后破获的多起间谍案的主角，都与贝熙业来往过密。1954年6月，82岁的贝熙业遭遇了严峻的危机：行医执照被卫生局收回后，他在中国居住的合法性遭受质疑。
当时贝熙业只有两种选择：加入中国国籍，或者离开中国。
