矛盾逐步公开
1897年3月，梁启超从广东回到上海，在《时务报》工作的同门梁启勋、韩云台向梁抱怨汪康年在这段时间对他们多有不公，而馆中佣人甚至也对他们另眼相看。对于梁、韩的抱怨，梁启超当然不会高兴，他在随后写给黄遵宪的信中，也多少抱怨汪康年对这些问题的处理不尽妥当。黄本来就与汪康年稍有矛盾，在《时务报》筹办之初就不希望汪一人揽权，于是在他收到梁启超的信后致函汪康年，再次提出仿西方近代国家立宪政体，将立法、行政分开，设立报馆董事会，提议汪康年辞去《时务报》馆总理职务，改任总董，驻沪照支薪水，任联络馆外之友，伺察馆中之事。提议由吴樵或康有为门人龙泽厚担任总理。(黄遵宪致汪康年函第25)
梁启超致信黄遵宪或许仅仅是为了寻觅同情，而黄致汪的信则使问题复杂化。梁启超认为，他自己虽不太满意汪康年的一些举措，但事情尚未闹到需汪辞去总理的境地，《时务报》总理在当时非汪莫属，于是他抱怨黄的建议实在是"卤莽不通人情"，反而使梁启超自己在报馆中的处境更为尴尬。(《梁启超年谱长编》95页)
汪康年在收到黄遵宪的信后很不高兴，他觉得黄遵宪与梁启超联手是在有意识排挤自己，他复函黄遵宪进行反驳，"深衔"黄氏，"日日向同人诋排之，且遍腾书各省同志，攻击无所不至。"黄、汪、梁三角矛盾逐步公开。
其实，黄遵宪提议中不便明说的理由主要是他感到汪康年应酬太繁，不能兼办馆中全部事务，故希望汪让出报馆实际位置，利用所长负责馆外联络应酬。而汪康年的办事宗旨也确实留下了这些把柄，汪素来认为"必须吃花酒乃能广通声气，故每日常有半日在应酬中，一面吃酒，一面办事。"这种办事风格显然与具有外国生活经历的黄遵宪格格不入。
黄、汪、梁几近公开的矛盾对于刚有起色的《时务报》极为不利，他们的一些共同朋友如谭嗣同、张元济、夏曾佑、吴德潚、邹代钧等得知此事后万分焦急，纷纷劝说他们以大局为重，不要因意见分歧而影响报馆事务。(张元济致汪康年函第18)
在友人劝说下，梁启超主动与汪康年和解，他向汪解释说，这次矛盾之所以产生，主要是因为双方性格差异所致，相互之间又缺乏及时沟通。至于黄遵宪的建议，梁启超认为也不应从消极层面去分析，这个建议就其本质而言，也是为了《时务报》未来发展，有其合理成分在。他与汪康年共约，既然各自意见都已讲明，此后当"誓灭意见"，为《时务报》未来贡献心智。(梁启超致汪康年函第31)
梁启超与汪康年的冲突得以暂时消解，但并没有真的回到原先的友谊和情分上。此后的梁启超，一反当初约定，热衷于宣传乃师康有为"三世说"、"大同说"及创立孔教等极端主张，在时务报馆康门弟子以康有为为"教皇"，"目为南海圣人，谓不及十年，当有符命"。如此极端言论引起各方面反对，同在报馆工作的章太炎借酒壮胆，大骂康有为为"教匪"，与康门弟子发生极不雅观的肢体冲突。(《忘山庐日记》98页，上海古籍出版社1983年)
章太炎是汪康年的同乡，康门弟子与章太炎大打出手以及章太炎因此愤而辞职造成了极为恶劣的影响，外间纷传《时务报》馆"将尽逐浙人而用粤人"(梁启超致汪康年函第31)，将报馆内部组成无形中划分出浙、粤两系人马，梁启超与汪康年自然成为两派首领，双方猜疑更重。
梁启超赴任时务学堂
当是时，钱塘县令吴德潚计划在杭州西湖赁一屋，购书数千金，并聘请英、法教员各一人，邀请梁启超前往。吴德潚的邀请对"数月以来，益困人事"的梁启超很有吸引力，他决意离开时务报馆，隐居西湖静心读书。谭嗣同对梁启超西湖读书计划表示赞成，以为有助于缓解矛盾。
梁启超隐居读书计划并未成为现实。1897年8月，黄遵宪奉调湖南路过上海，与汪康年等人面谈，再次提出设立《时务报》董事会的建议，梁启超赞成黄的建议，并劝说汪赞成，寻求一致。而汪康年对黄的建议根本不予考虑，寸步不让，他说："公度(黄遵宪)欲以其官稍大，捐钱稍多而挠我权利，我故抗之，度彼如我何？"(《梁卓如孝廉述创办时务报原委》)
黄、汪冲突严重影响了《时务报》前程，各方友人纷纷劝说汪康年不要一意孤行。汪大燮函劝汪康年重视黄遵宪的建议，"办事之人不必议事，奉行而已；议事之人不必办事，运筹而已。此至当不易之论。"(汪大燮致汪康年函第83)张元济函劝汪康年，根据他的了解，黄遵宪对汪康年"并无贬词"(张元济致汪康年第10)，这个建议是对事不对人，是个值得重视的建议。汪康年也是一个明事理的人，经各方劝说，他终于接受建议，成立了董事会。
汪康年接受了黄遵宪的建议，但交涉中的不愉快肯定影响了黄遵宪的心情，当他得知湖南将要创办时务学堂时，迅即向湖南巡抚陈宝箴、学政江标建议聘请梁启超出任学堂中文总教习，无论如何，这个建议对《时务报》都不是一个好消息。
梁启超大约也有点厌倦与汪康年每天面对面了，当他得知湖南方面的方案后，没有丝毫犹豫。至于汪康年，似乎处在矛盾中。一方面他内心深处或许期望梁启超和平离开《时务报》而又不太伤害彼此友情；另一方面又担心离开了梁启超，《时务报》言论受损。他不愿接受黄遵宪让梁启超在湖南"遥领"主笔的建议，不同意梁启超离开《时务报》。
汪康年的拒绝使湖南方面极不高兴，熊希龄让谭嗣同亲往上海向汪康年"哀吁"，如果汪康年执意不肯放行，那么他们将不惜与汪冲突而"豪夺以去"。谭嗣同劝汪不如"自劝"梁启超往湖南任职，"则尚不失自主之权，而湘人亦铭感公之大德矣。"(谭嗣同致汪康年第21)
对谭嗣同的要求，汪康年解释称，他之所以不愿放梁启超去湖南完全是出于对《时务报》发展考虑，决没有其他想法。汪康年向谭嗣同述说了自己的苦闷，获得了谭嗣同的同情，谭嗣同反过来支持汪康年，"毅然决然不允所请。"(谭嗣同致汪康年第22)
汪康年的想法当然只是一厢情愿，因为梁启超本人并不接受这个方案。1897年11月中旬，梁启超离开上海前往湖南，就任时务学堂总教习。
同仁刊物变为私有产业
在长沙，梁启超并不愿意辞去《时务报》主笔，但他确实又忙于应酬，忙于教学，没有时间履行职责，很长时间，他只向汪康年提交三篇应景文字：《南学会序》、《俄土战纪序》、《经世文编序》。这当然使汪康年很不高兴，这不是两人之间的矛盾问题，而是《时务报》发行量因为没有了梁启超的文字而急剧下降。汪康年既然得不到梁启超的文章，就迫使他必须寻找替代的人。1898年2月16日，汪康年准备聘请郑孝胥为《时务报》"总主笔"，改梁启超为"正主笔"，并准备对《时务报》栏目进行调整。(《郑孝胥日记》643页)
汪康年的计划是一种不得已，但当他将这些计划函告梁启超、黄遵宪时，却引起了梁启超大怒和彻底翻脸。但此时黄遵宪、梁启超实在顾不上《时务报》的事情了。他在发了一通脾气后，只能接受汪康年的这些方案，《时务报》由先前"同仁刊物"渐渐演变成汪康年私有产业了。梁启超、黄遵宪等虽然心中有气，但时局急剧发展特别是康有为受到朝廷重用介入新政，梁启超也转至北京，奉旨筹办译书局；黄遵宪奉命出使。紧张而愉快的生活多少抚平了他们的不满，他们与汪康年的分歧渐渐成为过去。
不过，新政进展并不顺利。康有为并没有像想象的那样掌控权利，甚至根本进入不了权力中心，被严重边缘化。于是，康有为在康广仁、梁启超建议下，于1898年7月17日以御史宋伯鲁的名义上了一个折子，建议将《时务报》改为官报局，并建议朝廷委派梁启超主持。
光绪帝看到这个建议后并没有表示意见，而是批给官学大臣孙家鼐处理。7月26日，孙家鼐提交了一份处理意见，不同意调派梁启超，因为梁启超正在筹办译书局；建议调派康有为主持，理由是康有为现在没有什么实质性工作。孙家鼐顺带对这个机构提出几个原则，一是责成主笔慎加选择，如有颠倒是非、混淆黑白、挟嫌妄议、渎乱宸听者，一经查出，主笔者不得辞其咎；二是既为官报，就不能像民间报纸那样自由议论时政，不准臧否人物；三是经费自筹，政府不得强行要求公费订阅。当然，开办费用，孙家鼐建议可由上海道代为设法，但应由康有为自往筹商。(孙家鼐：《奏遵议上海时务报改为官报折》)
孙家鼐的处理意见虽然蕴含着许多阴谋，但其通情达理，公事公办，在表面上无可挑剔，于是朝廷当天批准了这个建议，康有为的计划被孙家鼐顺手牵羊予以破坏。
