在实施"合作政策"的过程中，精明的蒲安臣扩大其内涵，将"与西方列强合作"扩充为"既与西方列强合作，也与清政府合作"。他的"合作政策"虽然顾及到清政府的利益，但主要还是考虑本国利益。"合作政策"的核心有五项，其一，在中国的"一切重大问题上"，各国 "协商合作"；其二，为了条约权利，保卫条约口岸，不要求也不占用租界；其三，赞助满清政府"维持"秩序的努力，不干涉清政府对内镇压；其四，保持中国的领土完整，不允许任何单独的瓜分或割让；第五，在中国用联合外交来代替武力争夺。
在具体的外交活动中，在一定程度上，蒲安臣的确能照顾到中国的利益，从而把清政府包括在合作范围之内。
例如，1863年，美国商船"幸运之星"号到达中国沿岸，岸上的人哄抢了这艘船。船主纳尔逊要向清政府索赔经济损失，蒲安臣拒绝为此事向清政府索赔。因为纳尔逊缺乏足够的证据来证明他的财产究竟有多少，也不符合中美《天津条约》第13款之规定："倘商船有在中国所辖内洋被盗抢劫者，……万一正盗不能缉获，或起赃不全，不得令中国赔还货款。"
主动送上门的工作
而刚从美国驻华公使任上退下，旋即披挂上大清国的一品顶戴花翎，以"办理各国中外交涉事务大臣"头衔，率清廷首个外交使团出使各国，在蒲安臣看来，更像是个送上门的工作。
1867年11月下旬，担任驻华公使已达6年之久的蒲安臣辞职回国。在总理衙门(清廷负责外交事务的部门)举办的饯行宴会上，他向奕等表示，"嗣后遇有与各国不平之事，伊必十分出力，即如中国派伊为使相同。"
蒲安臣的这番表态，让处在焦虑中的奕眼前一亮。
当时，正在开展洋务运动的清政府已深深感觉到与列强之间，不仅要"请进来"，更要走出去。恭亲王在给朝廷的奏折中写道："近来中国之虚实，外国无不熟悉，外国之情伪，中国一概茫然，其中隔阂之由，总因彼有使来，我无使往。"
更为紧迫的是，1858年《天津条约》规定的10年修约之期将至，清政府担心西方列强趁修约之机"索要多端"，急欲事先遣使笼络各国。可是使臣的遴选和中外礼仪纠葛却成为两大难题。
一方面，以中国之大，居然"使才难觅"，即使要找出些精通外文的翻译人才，都十分困难。另一个担忧是，中国一直要求外国使节觐见皇帝和太后必须行三跪九叩大礼。这遭到列强的强烈抵制，双方只好暂时搁置争议，各国外交官也因此无法按照国际惯例觐见中国元首。如果中国派出使臣，按国际惯例觐见外国元首，那对方的使臣就可以要求对等待遇，"磕头"的问题必定会成为一个大麻烦。
蒲安臣在饯行宴上的这番话，让奕等不禁灵机一动，何不干脆请洋人为使呢？这既能取得遣使出洋的实效，又可以避免中外礼仪的纠葛。在获得蒲安臣的同意之后，奕正式向朝廷上奏："请派蒲安臣权充办理中外交涉事务使臣。"
在奏折中，奕对蒲安臣极尽赞扬之词： "其人处事和平，能知中外大体，遇有中国为难不便之事，极肯排难解纷。"而且说明由于中外礼仪不同，"用中国人为使臣，诚不免于为难，用外国人为使臣，则概不为难。"
就这样，在清廷和蒲安臣的一拍即合中，外交史上堪称奇闻的"蒲安臣使团"组成了。
为打消英法两国的疑虑，奕等人在使团中加入了英国人柏卓安(时任英国驻华使馆中文翻译)、法国人德善(时任职中国海关)。二人均"通晓汉语文，……兼可以笼络英法诸国"。柏卓安被任命为左协理，德善为右协理。同时，为了维护清廷的体面，以记名海关道志刚及礼部郎中孙家谷二人，同任"办理中外交涉事务大臣"，名位与蒲安臣完全相同。
毕竟，蒲安臣是外国人，清政府对其权限作了某些规定："凡于中国有损之事，令其力为争阻；凡于中国有益之事，令其不遂应允，必须知会臣衙门覆准，方能照行。在彼无可擅之权，在我有可收之益。倘若不能见效，即令辞归。"
更具标志性的是，在出使期间，蒲安臣设计了中国有史以来第一面国旗，样式为黄底蓝镶边，中绘一龙，长三尺，宽两尺。作为中国象征的黄龙旗飘扬在欧美各国，意味着中国第一次以主权国家面目出现在国际社会之中。在与国际规则接轨的方向上，中国又跨近了一步。
