但事实是，中外交往、交涉越来越多而不是越来越少，总理衙门这一临时权宜机构权力越来越大，越来越不"临时"。随着中外交往越来越多，许多事情非常急迫，地方督抚在上奏的同时往往又直报总理衙门。由于它并非"外交部"，所以与"洋"有关的一切事务几乎都归其管理，从外交、通商到铁路、电报、学校、工厂等等，几乎成为凌驾传统六部之上的"洋务内阁"。所以，有人说总理衙门"与其说是一个外务部，不如说是更像一个内阁"。
总理衙门的成立改变了中国从来只有"理藩"而无"外交"的传统，是中国与现代国际体系接轨的重要一步，是中国外交制度现代化的重要一步，为1901年正式成立外务部打下基础。
当然，这种体制的"接轨"并非易事，在成立总理衙门的同时，又保存了旧体制，在一段时间出现了新旧并存的局面。
"理藩"转向"外交"
第二次鸦片战争后，清政府将原来的五口通商大臣改为"办理江浙闽粤内江各口通商事务大臣"，设在上海，后来演变称为"南洋通商大臣或南洋大臣"；在天津新设"办理牛庄、天津、登州三口通商事务大臣"，后来演变称为"北洋通商大臣或北洋大臣"。南北洋大臣都是为"通商"而设，仍反映清政府不愿承认与狄夷有政治关系。
南洋通商大臣从设立之初即由苏抚或江督兼任，因此苏抚或江督在清政府对外交往体制中占有一席之地。而北洋通商大臣则在设置之初则是专职，专办洋务兼筹海防，直隶总督不兼北洋通商大臣，因此从体制上说此时直隶总督与外交无缘。由于与北京近在咫尺，再加上清廷仍是尽可能将对外交涉活动局限于地方，所以北洋通商大臣在天津设立之初，实际就参与了国家外交活动。一些外交谈判的签约地都是天津而不是中国的首都北京，有些国家原代表到了北京，清政府仍坚持要他们到天津。各国外交人员只能在中国的"地方"并主要是与"地方官"打交道明显不合国际惯例，引起各国强烈不满，一再要求进京。但清政府为传统观念所囿，一直坚持与各国的交涉只能在国门天津而不能在国都北京进行。若想进京交涉，必须先在天当等候，由三口通商大臣先向总理衙门呈报获得批准后方可进京，如果不经三口通商大臣同意而直接进京投谒总理衙门大臣则肯定被拒。这些规定或曰惯例，使三口通商大臣实际深深参与国家外交。
由于三口通商大臣是专任，因此与直隶总督往往各自为政、相互掣肘，屡有矛盾。所以曾经参与天津教案处理、对直隶总督曾国藩与三口通商大臣崇厚之间矛盾有切身感受的工部尚书、总理街门大臣毛昶熙于1870年10月上折，认为脱离本省督抚而设专职办理对外交涉的通商大臣彼此难以协调，因而奏请"三口通商亦不必专设大员，所有洋务海防均责成直隶总督悉心经理"，一如南洋通商大臣之例。11月12日，清廷发布上谕，决定裁撤专任三口通商大臣，照南洋通商大臣之例由直隶总督兼任。这一改变解决了直隶总督和三口通商大臣各自为政的积弊，大大扩充了直隶总督的职权，其工作重心亦从"省防"转为"海防"、"洋务"，确立了直隶总督在清政府外交体制中的地位。直隶的府城是保定，北洋大臣衙署在天津，为解决这一矛盾，上谕规定"将通商大臣衙署改为直隶总督行馆"，直隶总督在天津、保定间轮驻，但可"长驻津郡"，"如天津遇有要件"更不可必回省城保定，明定直督驻天津优先于驻保定，为直督处理"海防"重于"省防"提供了另一方面的保证。
恰恰此前不久，李鸿章被任命为直隶总督，因此成为直督兼通商大臣第一人。李鸿章当上北洋大臣不久，就开始积极参与一系列国家外交活动。就体制上的承属系统而言，总理衙门设立之后南北洋大臣只是地方上办理外交的代表，为总理衙门所统属，受总理衙门之命主持对外重大交涉，但实际上南北洋大臣尤其是北洋大臣却常常是代替总理街门的总代表。在李的努力经营下，其活动范围迅速扩大，总理衙门几乎办理每一件事都要向他通报，汲取他的意见和建议，许多驻外外交人员更是经常向他汇报，听取他的指示，李已俨然成为国家外交全局的主持人。他在天津的北洋官衙渐渐成了清政府实际上的外交部；外国人与他打交道越来越多，反之又进一步提高了他的地位，甚至有超越总理衙门之势。
