新任的昌都总管阿沛与拉鲁的主张大相径庭，拉鲁倾向于进行武力抵抗，不管有没有成功的可能都要誓死抗争。阿沛则倾向于妥协，他认为没有必要激怒解放军，拆除拉鲁修筑在山顶上的防御工事。不久，又停止招募更多的康巴民兵。
据拉鲁回忆，阿沛刚到昌都不久就提出，他认为昌都这个地方太小，没有必要由两名噶伦共同驻守管理，他建议拉鲁离开昌都到玉树南部琼布色达去开辟一个新的作战根据地，而他则留驻昌都。阿沛的行事颇像那位："不战、不和、不守，不死、不降、不走"的"六不总督"叶名琛。面对解放军大兵压境，阿沛判断失误，导致了昌都战役完全按照解放军的设想进行。
在防御上阿沛没有建立一支常备的后备军。藏军全体官兵除了几百人留守昌都之外，其余军队都被分散布防于边境沿线；人民解放军随时都可能突破藏军的防线，而边防军后面并没有设置第二道防线。英国人早在15年前就提出有必要建立一支后备军，但是这一报告显然从未被康区的官员采纳过。1950年7月，藏军设在邓柯的电台被捣毁之后，在拉鲁的一再请求下，阿沛从拉萨带来了两部手提式无线电收发报机，可是他决定不在金沙江沿岸边境地区设置这两部电台。于是拉鲁带了一部到洛隆宗，另一部则留在昌都闲置着。在解放军发动昌都战役之前，福特试图说服阿沛将那部闲置未用的电台送到战略要地类乌齐去，以便能够及时迅速地收到有关拉贡昂达撤退路线的情报，但遭到了阿沛的拒绝。随着9月底的到来，许多人都推测冬季的临近意味着中共军队可能不会发动进攻，从而使藏军逐渐放松了警惕。
