美军于1958年构建了军政军令分离体制，从法律上废除了"军种代理"体制，确立了联合作战司令部司令在作战指挥链中的主体地位。然而，这只是一种形式上的"联合"，军种参谋长仍可利用自身权力，特别是通过掌控军官的晋升考核等重大人事权，来架空参联会主席和联合作战司令部司令，暗中操控参联会、联合参谋部和联合作战司令部的运作，甚至干预前线作战指挥，导致这些联合机构沦为"联而不合、统而不一"的"空架子"，在实战行动中只能扮演"协调人"而非"主导者"的角色。
艾森豪威尔政府的海军作战部长阿利·伯克曾直言，"当地的指挥官没有任何权力，他们凡事都要经过我们(各军种参谋长)的同意才能采取行动……"
这种体制本质上是以应对核时代的大规模战争为着眼点，但在应对规模、时间、范围和强度较小的有限战争时，战场指挥官却因指挥权限不足、军种暗中操控过度，难以根据战场态势的变化，灵活调整作战计划，进而导致美军实战中出现令出多门、指挥混乱的现象，这也是造成美军在越战和伊朗"人质门"事件等行动中战场指挥效率低下的根本原因。像越战期间，美军轰炸机要同时听命于4个互不隶属的司令部指挥。这些弊端也为美军日后的联合作战体制改革埋下了伏笔。
