不过这些菲律宾空军基地也存在相当多问题。由于菲空军在长达10年的时间内都没有喷气式战斗机，大部分空军基地设备已落伍。菲军方正计划升级3个空军基地，以供超音速战机使用。按照菲空军说法，2016年年苏比克湾的空军基地将完成升级，巴萨空军基地将在2017年完成升级，而巴拉望的巴蒂斯塔基地将在2018年投入使用。巴蒂斯塔原系菲空军的二线基地，跑道还是越战时期由美国工兵修建的，基地内的场站设施普遍超期服役，像消音试车间只适合测试OV-10一类小飞机所用的涡桨发动机，对C-130等大中型飞机爱莫能助，而美军未来进驻的恰恰是P-3C、P-8A、C-130一类的大型飞机。另外，巴蒂斯塔基地塔台没有能与美军有效联通的UHF、VHF等无线电通信器材，这些都需要美国提供军援。
美借菲陆军基地训练丛林战
P-8A近距离拍摄到的中国052C舰
美军拟采用的唯一一座菲律宾陆军基地--马格赛赛堡则属于综合性军事设施，主要供菲律宾和盟国军人进行军事训练和实弹打靶之用，现为菲陆军训练司令部管辖。2012年以后，菲律宾政府利用美国军援资金，对该基地进行了小范围的改造，尤其是修通了圣班加德堡至马格赛赛堡的道路，使重型装备得以顺畅运输，同时还打通与乌鸦谷靶场的道路，并且圈进吕宋岛部分海岸线，便于进行两栖登陆演习。菲律宾媒体曾骄傲地宣称它是"亚洲最大的军事基地"，美菲"肩并肩"年度演习主要就在此进行。美军看上该基地，主要是因为它兼有丛林、山地、海岸甚至荒漠地形，对提升美军在复杂环境中的作战能力帮助甚大。
